Theo Bộ NN&PTNT, Khu bảo tồn biển Hòn Cau là khu vực phân bố của các hệ sinh thái biển nhiệt đới điển hình, có vai trò bảo vệ, bảo tồn các loài động thực vật biển quý hiếm. Do đó, việc đề xuất điều chỉnh giảm diện tích đến 1.060ha sẽ ảnh hưởng rất lớn đến các mục tiêu, chức năng và thậm chí phá vỡ quy hoạch Hòn Cau, đồng thời ảnh hưởng đến mục tiêu bảo tồn biển theo quy hoạch đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt từ năm 2010.
