Theo quyết định này, về trình tự thủ tục thực hiện chuyển mục đích sử dụng đất, trong thành phần hồ sơ có bổ sung thêm một trong các loại giấy tờ về quyền sử dụng quy định tại các khoản 1, 2 và 5 Điều 50 Luật Đất đai năm 2003 và trường hợp gia đình, cá nhân chưa có khả năng tài chính để nộp tiền sử dụng đất, có nguyện vọng ghi nợ tiền sử dụng đất thì bổ sung thêm đơn đề nghị ghi nợ tiền sử dụng đất theo quy định. Quyết định 40 còn bổ sung thêm các quy định xử lý đối với trường hợp đã tự ý chuyển mục đích sử dụng đất trước ngày 1/7/2004 nhưng đến nay phù hợp với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất và xử lý các trường hợp chuyển tiếp. Đặc biệt, đối với những trường hợp gia đình, cá nhân chưa có khả năng tài chính, có nguyện vọng ghi nợ tiền sử dụng đất, trong trường hợp họ chuyển nhượng một phần diện tích trong tổng diện tích đất đang ghi nợ tiền sử dụng đất, thì cơ quan chức năng làm thủ tục tách thửa để cơ quan thuế xác định số tiền sử dụng đất tương ứng với phần diện tích chuyển nhượng và gia đình, cá nhân phải nộp đủ số tiền sử dụng đất còn nợ đối với diện tích này trước khi thực hiện việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất.
