Cùng ngày, công an khám xét nơi ở của hai nghi phạm này để củng cố hồ sơ. Theo công an, ngoài chủ tàu Thảo Vân, hướng dẫn viên Nguyễn Ngọc Quân đã bán vé và hướng dẫn cho du khách lên tàu Thảo Vân 2, khi tàu này không được cấp phép vận tải hành khách. Trước đó, công an Đà Nẵng đã khởi tổ vụ án hình sự, tội Vi phạm quy định điều khiển các phương tiện giao thông đường thủy. Lái tàu Lê Công Chí (trú quận Sơn Trà) đã bị khởi tố, bắt giam. Ngoài việc cách chức giám đốc, phó giám đốc Cảng vụ, Thành ủy Đà Nẵng cũng chỉ đạo cho thôi việc ê kíp trực đêm xảy ra tai nạn. Thành ủy Đà Nẵng cũng yêu cầu công an, viện kiểm sát sớm hoàn tất thủ tục điều tra để đưa ra xét xử công khai, nhằm răn đe, giáo dục ý thức cho các chủ tàu, lái tàu du lịch trên sông Hàn. Hiện tại, chỉ 11 trong số 25 tàu du lịch trên sông Hàn đủ điều kiện hoạt động sau khi ngành chức năng rà soát. Khoảng 20h30 tối 4/6, tàu du lịch Thảo Vân được đăng kiểm 28 chỗ ngồi, đã hoạt động du lịch chui, công khai vào Cảng Đà Nẵng đón 53 hành khách. Khi xuất bến chừng 10 phút, tàu bị nghiêng và lật khiến 56 người gặp nạn. Ba người, trong đó có 2 trẻ em tử nạn.
