Đến nay, toàn TP đã thực hiện chuyển đổi mô hình quản lý, kinh doanh, khai thác 167/454 chợ (đạt 36,8%), còn 33/454 chợ chưa phân hạng. Trong đó, đã có 364/421 chợ phê duyệt phương án giá dịch vụ chợ (đạt 86,46%).
Hiện, trên địa bàn TP có 2 chợ đầu mối nông sản hạng 1 là chợ đầu mối nông sản Minh Khai (quận Bắc Từ Liêm) và Trung tâm kinh doanh chợ đầu mối phía Nam (quận Hoàng Mai). Bên cạnh đó, còn có hệ thống các chợ cấp 2 và chợ hoạt động với tính chất chợ đầu mối như: Chợ Long Biên, chợ cá Yên Sở, chợ gia cầm Hà Vĩ, chợ đêm nông sản Văn Quán, chợ nông sản Bắc Thăng Long… Các chợ đầu mối vẫn đóng vai trò quan trọng trong kênh phân phối các mặt hàng nông sản thực phẩm của TP.
Nhằm đảm bảo công tác an toàn thực phẩm (ATTP) trong các chợ trên địa bàn, các sở ngành và các quận, huyện, thị xã đã triển khai nhiều giải pháp như tăng cường công tác kiểm tra về ATTP, đẩy mạnh công tác tuyên truyền nâng cao nhận thức của các hộ kinh doanh trong chợ về ATTP.
UBND các quận, huyện, thị xã cũng đã xác nhận kiến thức về ATTP cho 20.267/21.416 người kinh doanh trong chợ (đạt 94,6%), ký kết đảm bảo ATTP cho 19.892/21.044 cơ sở kinh doanh trong chợ (đạt 95%). Một số địa phương đạt tỷ lệ cao như: Thanh Xuân, Hoàng Mai, Nam Từ Liêm, Long Biên, Phúc Thọ, Mê Linh…
