Trên cơ sở phân tích, đánh giá những tồn tại, Chỉ thị 13 đề ra những giải pháp cụ thể để cải thiện từng chỉ số theo danh mục đánh giá khi xếp hạng PCI. Bên cạnh những giải pháp cải thiện chỉ số dịch vụ hỗ trợ DN, đào tạo lao động, chi phí gia nhập thị trường, tính minh bạch và tiếp cận thông tin… Chỉ thị cũng chỉ ra những chỉ số nhiều năm xếp hạng thấp và năm 2012 có sự sụt giảm mạnh để tập trung khắc phục. Cụ thể, trong việc tiếp cận đất đai và ổn định sử dụng đất, UBND TP giao Sở TN&MT, Tài Chính, QH - KT, Ban Chỉ đạo GPMB, UBND các quận, huyện, thị xã đẩy nhanh tiến độ, nâng cao tỷ lệ cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất trên cơ sở quy hoạch, kế hoạch cụ thể, tăng cường kiểm tra, đôn đốc, tạo ý thức cũng như nâng cao trách nhiệm của cán bộ, công chức và các cơ quan liên quan nhằm khai tác tốt quỹ đất, tạo điều kiện thuận lợi cho các tổ chức, cá nhân và DN… UBND TP cũng giao các sở, ngành, quận, huyện, thị xã tăng cường công tác cải cách hành chính, thực hiện tốt mô hình một cửa, một cửa liên thông, đồng thời giảm thiểu các quy trình, thủ tục không cần thiết, tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin, áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO tại tất cả các cơ quan.
Đối với chỉ số "Chi phí không chính thức", cùng với việc nâng cao tinh thần trách nhiệm, ý thức trong công việc, việc thanh tra công vụ cũng sẽ được tăng cường nhằm xử lý nghiêm những cá nhân, đơn vị và địa phương vi phạm, đặc biệt là đối với những hành vi kéo dài thời gian giải quyết hồ sơ, gây phiền hà, nhũng nhiễu người dân, DN. Chỉ thị cũng đề ra những giải pháp tăng cường, khuyến khích tính năng động và tiên phong của các cấp chính quyền, sở, ngành; đặc biệt là trong việc đa dạng hóa các kênh đối thoại trực tiếp, những diễn đàn trao đổi giữa lãnh đạo TP với các DN, hiệp hội… qua đó xử lý kịp thời những vướng mắc, khó khăn của DN trong quá trình sản xuất kinh doanh.Thể hiện quyết tâm trong năm 2013, UBND TP yêu cầu các đơn vị kiểm điểm, đánh giá kết quả triển khai và gửi báo cáo cụ thể (trước ngày 15/7/2013 đối với báo cáo 6 tháng và trước ngày 15/1/2014 đối với báo cáo năm 2013), qua đó tổng hợp so sánh cụ thể với những số liệu của Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam.
