Thực hiện Quyết định số 742/QĐ-TTg ngày 26/5/2010 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt quy hoạch hệ thống khu bảo tồn biển Việt Nam đến năm 2020, đến nay, cả nước có 11 khu bảo tồn biển. Tổng diện tích vùng biển thuộc các khu bảo tồn đã đi vào hoạt động là 133.766ha, tương ứng 0,134% diện tích vùng biển tự nhiên của Việt Nam.
Theo Bộ NN&PTNT, các hoạt động nghiên cứu khoa học trong khu bảo tồn biển đang ngày càng được quan tâm nhiều hơn. Kết quả của một số đề tài nghiên cứu đã hỗ trợ khá hiệu quả cho công tác quản lý.
Hoạt động hỗ trợ sinh kế cho cộng đồng dân cư sống trong và xung quanh các khu bảo tồn biển được triển khai khá tốt trong. Tuy nhiên trong những năm gần đây, hoạt động này đang có dấu hiệu chậm lại, một số mô hình đã dừng hoạt động do thiếu kinh phí để duy trì.
Đáng chú ý, tình hình tàu cá sử dụng lưới kéo, mành, ngư cụ có mắt lưới nhỏ, ngư cụ bị cấm, sử dụng chất nổ để khai thác trong và xung quanh các khu bảo tồn biển vẫn diễn ra. Lặn bắt hải sản khá thường xuyên, nhất là vào ban đêm.
Tuy nhiên, do chưa có lực lượng kiểm ngư trong khu bảo tồn, việc phối hợp của khu bảo tồn với lực lượng Biên phòng không thường xuyên nên tình hình vi phạm pháp luật vẫn diễn ra phổ biến. Điều này dẫn đến nguồn lợi các loài thuỷ sản có giá trị kinh tế cao như: Hải sâm, tôm hùm, bào ngư, trai tai tượng, cầu gai Sọ dừa... đang ngày một suy giảm.
Cùng với đó, việc xây dựng các công trình ven biển, đảo phục vụ cho mục tiêu phát triển kinh tế trong đó có du lịch đã và đang gây ảnh hưởng trực tiếp đến các hệ sinh thái. Lượng trầm tích lớn trong quá trình xây dựng đưa vào môi trường nước đã làm suy thoái sinh thái rạn san hô ở những vùng rạn gần kề như: Vịnh Nha Trang, Phú Quốc.
Các hoạt động gây ô nhiễm như: Vứt bỏ rác thải trong sinh hoạt, chất thải rắn, rác thải nhựa từ khách du lịch, neo đậu tàu, thuyền trên các rạn san hô; các nguyên vật liệu từ lồng bè phục vụ khách du lịch bị vứt bỏ trực tiếp xuống biển sau khi không còn sử dụng… đã và đang tác động tiêu cực đối với các các hệ sinh thái và nguồn lợi thủy sản.
