Theo Bản kết luận điều tra bổ sung, bị can Trần Xuân Yến - nguyên Phó Giám đốc Sở GD&ĐT tỉnh Sơn La trong giai đoạn điều tra ban đầu khai nhận rõ việc giúp nâng điểm cho 13 thí sinh là do động cơ cá nhân, tình cảm đồng nghiệp, bạn bè và mục đích để các thí sinh đủ điểm xét tuyển vào các trường đại học theo nguyện vọng. Nhưng tại phiên tòa sơ thẩm và đến nay bị can thay đổi lời khai, phủ nhận toàn bộ lời khai trước đây. Đồng thời cho rằng việc nhận, chuyển thông tin cá nhân của 13 thí sinh là để nhờ “xem điểm”. Tuy nhiên, căn cứ vào tài liệu, chứng cứ thu thập được, CQANĐT đã có đủ cơ sở kết luận bị can Yến vì động cơ cá nhân đã nhận thông tin của 13 thí sinh và chuyển cho Nguyễn Thị Hồng Nga (chuyên viên Phòng Khảo thí và quản lý chất lượng Sở GD&ĐT Sơn La) sửa bài thi và nâng điểm cho các thí sinh này.
Về nội dung làm rõ nguồn gốc các khoản tiền và hành vi thỏa thuận, đưa, nhận tiền của các bị can, theo bản kết luận điều tra bổ sung, trong quá trình phúc cung lại, bị can Lò Văn Huynh - nguyên Trưởng phòng Khảo thí và quản lý giáo dục Sở GD&ĐT tỉnh Sơn La vẫn khai nhận Lò Thị Trường đến nhà đặt vấn đề nhờ nâng điểm cho con trai và hứa hẹn, thỏa thuận đưa số tiền 300 triệu đồng nhưng sau đó Huynh đã trả lại. Đối với Lò Thị Trường khai, mục đích chuyển thông tin cá nhân của thí sinh là để nhờ Huynh “xem điểm” và không hứa hẹn, thỏa thuận về lợi ích cũng như không đưa tiền cho Huynh.
Tuy nhiên, căn cứ tài liệu, chứng cứ thu thập được, lời khai ban đầu và khai nhận của Lò Thị Trường tại phiên tòa sơ thẩm có đủ cơ sở xác định vào khoảng tháng 5/2018, Huynh được anh trai là Lò Văn Thái trao đổi về việc Lò Thị Trường (cháu vợ của ông Thái) có con trai tham gia kỳ thi THPT quốc gia năm 2018 để xét tuyển vào trường công an nhờ Huynh tạo điều kiện giúp đỡ. Được ông Lò Văn Thái giới thiệu, ngày 13/6/2018, Lò Thị Trường đến nhà Huynh đặt vấn đề giúp nâng điểm cho con trai. Khi được bị can Huynh trao đổi là chỉ phụ trách chấm thi tự luận thì Trường tiếp tục nhờ và đặt vấn đề đưa tiền để Huynh lo giúp. Sau đó, Huynh đồng ý nên Lò Thị Trường lấy 300 triệu đồng đã chuẩn bị đưa cho Huynh và hẹn sau khi có kết quả sẽ cảm ơn thêm nhưng không nói rõ là sẽ đưa thêm bao nhiêu. Kết quả, thí sinh này được nâng điểm đạt 26,65 điểm và sau khi chấm thẩm định bị hạ 11,3 điểm. Ngày 24/7/2018, Huynh gọi Lò Thị Trường đến nhà để trả lại số tiền trên.
Tại bản kết luận điều tra bổ sung, CQANĐT kết luận, hành vi của bị can Huynh đã phạm 2 tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” và “Nhận hối lộ”; hành vi của bị can Lò Thị Trường đã phạm vào tội “Đưa hối lộ”. Ngoài ra, hành vi của các bị can khác gồm: Trần Xuân Yến; Nguyễn Thị Hồng Nga; Cầm Thị Bun Sọn - Phó phòng Chính trị tư tưởng Sở GD&ĐT Sơn La; Nguyễn Thanh Nhàn - Phó phòng Khảo thí và quản lý chất lượng giáo dục Sở GD&ĐT Sơn La; Đặng Hữu Thủy - Phó Hiệu trưởng trường THPT Tô Hiệu; Đỗ Khắc Hưng và Đinh Hải Sơn (đều là cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La) cùng phạm vào tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn khi thi hành công vụ”.
Trước đó, ngày 15/10, sau 4 ngày đưa ra xét xử, TAND tỉnh Sơn La đã tuyên bố trả hồ sơ để điều tra bổ sung do xét thấy có một số tình tiết mới mà tại tòa không thể giải quyết được.