Trong đó, Ban Quản lý Khu kinh tế (Ban Quản lý) thuộc về UBND tỉnh Quảng Ninh nên sẽ thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với Khu Kinh tế Vân Đồn; thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư sản xuất kinh doanh cho nhà đầu tư trong Khu kinh tế theo quy định của pháp luật.
Ban Quản lý có tài khoản con dấu riêng; kinh phí quản lý hành chính nhà nước, hoạt động sự nghiệp và vốn đầu tư phát triển do ngân sách nhà nước cấp theo kế hoạch hàng năm và nguồn kinh phí khác theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Về cơ cấu tổ chức và biên chế, Ban Quản lý gồm Trưởng ban và không quá 2 Phó Trưởng ban. Trưởng ban do 1 Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ninh kiêm nhiệm. Phó Trưởng ban do Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ninh bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Trưởng ban. Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý gồm: Văn phòng, Phòng Nghiệp vụ và Trung tâm Dịch vụ hỗ trợ đầu tư. Trung tâm Dịch vụ hỗ trợ đầu tư là đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ về chi thường xuyên và chi đầu tư.
Biên chế công chức của Ban Quản lý do UBND tỉnh Quảng Ninh quyết định trong tổng biên chế hành chính được cấp có thẩm quyền giao, bảo đảm không làm tăng tổng số biên chế công chức của tỉnh và thực hiện lộ trình tinh giản biên chế theo quy định. Số lượng người làm việc: Trung tâm Dịch vụ hỗ trợ đầu tư được quyết định số lượng người làm việc theo quy định của pháp luật, bảo đảm phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao.
UBND tỉnh Quảng Ninh có trách nhiệm quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy, biên chế của Ban Quản lý bảo đảm phù hợp với quy định và các quy định pháp luật khác có liên quan. Ban hành Quy chế phối hợp thực hiện nhiệm vụ giữa Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Đồn với Ban Quản lý Khu kinh tế Quảng Ninh, UBND huyện Vân Đồn và các cơ quan, tổ chức, đơn vị có liên quan. Chỉ đạo các cơ quan, đơn vị có liên quan triển khai thực hiện việc chuyển giao chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước đối với Khu kinh tế Vân Đồn từ Ban Quản lý Khu kinh tế Quảng Ninh về Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Đồn theo quy định của pháp luật.
Thời gian thực hiện thí điểm là 3 năm, kể từ ngày quyết định này có hiệu lực thi hành. Sau 3 năm triển khai mô hình thí điểm, UBND tỉnh Quảng Ninh tiến hành tổng kết, đánh giá kết quả thực hiện, báo cáo Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ theo quy định.
