Mục tiêu trong khu vực nội thành đơn vị đưa ra là đưa nước nhanh nhất về các nguồn tiêu, đảm bảo thoát nước nhanh với trận mưa có cường độ 310mm/2 ngày tại khu vực đã được cải tạo theo Dự án thoát nước Hà Nội giai đoạn 2 (khu vực nội thành giới hạn từ sông Hồng đến sông Tô Lịch và một số địa bàn lân cận); vận hành hiệu quả trạm bơm Yên Sở và các trạm bơm khác, khai thác năng lực điều hòa nước của các hồ. Đơn vị chức năng cũng đã tiến hành nạo vét, duy tu sông Tô Lịch, Kim Ngưu, Lừ, Sét cùng hệ thống thu (cống ngang, ga thu) để đảm bảo thông thoáng dòng chảy. Trong trường hợp mưa rất to, 100% cán bộ, công nhân của công ty sẽ được huy động, ứng trực xử lý kịp thời những sự cố, đặc biệt tại 21 điểm có khả năng úng ngập cao.
Để đảm bảo hiệu quả chống úng ngập, hàng loạt các công trình thuộc dự án thoát nước Hà Nội giai đoạn 2 cũng đang được triển khai, trong đó có nạo vét, cải tạo các hồ lớn như Linh Đàm, Định Công, Phương Liệt, Khương Trung. Tuy nhiên, theo Giám đốc Ban QLDA Thoát nước Hà Nội Phạm Văn Cường, một số hạng mục đang thi công chậm tiến độ do vướng mắc GPMB. Hiện còn 20% (trong tổng số 246,8 ha của dự án) chưa được bàn giao mặt bằng, gây khó khăn cho chủ đầu tư và nhà thầu.
