Trong công văn, Sở VH&TT khẳng định hồ sơ xếp hạng di tích cấp quố gia của chùa Khúc Thủy năm 1991 cho thấy các hạng mục công trình: Tam quan, tiền đường, tam bảo, nhà điện tháp bia. Đến nay, những công trìnhTam quan, tiền đường, tam bảo, nhà điện tháp bia nằm trong khu vực khoanh vùng bảo vệ chùa chỉ còn nền đất. Nghĩa là các công trình đã được xếp hạng đã bị phá hủy.
| Nhiều công trình mới được xây dựng ở phần đất ''cung tiến'' của người dân thôn Khúc Thủy. |
Hồ sơ xếp hạng xác định phần hiện vật gồm 28 pho tượng trong đó có 16 pho tượng Mẫu, nhiều pho tượng mang phong cách nghệ thuật thế kỷ XVIII, và chùa còn lưu giữ 6 tấm bia đá.Hiện giờ, hệ thống các tượng Phật trong ngôi Tam Bảo vẫn được bảo quản và lưu giữ nguyên vẹn (hoàn toàn là tượng gỗ mít truyền thống). Nhưng năm 2016 nhà Chùa đã tự ý sơn thếp lại với màu sắc giả cổ. Ngoài ra, nhà chùa còn kịp bổ sung một loạt hệ tống tượng mới. Tại khối nhà giữa còn thêm các hiện vật như 1 pho tượng Phật bằng đá lớn trên trần, 1 pho tượng phật nằm và khối đá trang trí ở phía trước cũng kịp thời được bổ sung, 100 pho tượng Phật đặt trên bệ sen sơn màu vàng sặc sỡ,1 tượng Phật đá trắng và đôi sư tử đá phía trước sân Tiền đường, sân bên phải chùa có 51 am đá …
Đặc biệt, đối với các công trình nhà xây mới. Trước đó, UBND huyện Thanh Oai có gửi báo cáo cho rằng, 2 dãy nhà Tăng, nhà Ni, tượng đài Phật và dãy nhà ăn của các sư, phật tử đều nằm ngoài khu vực khoanh vùng bảo vệ di tích. Phần đất này do các gia đình thôn Khúc Thủy cung tiến. Sở VH&TT Hà Nội yêu cầu huyện Thanh Oai và nhà chùa làm rõ nguồn gốc phần diện tích đất “cúng tiến” cho nhà chùa sử dụng xây dựng những công trình mới này. Theo thông tin của báo Kinh tế & Đô thị, năm 2012, giữa nhà chùa và một vài hộ dân quanh chùa đã xảy ra những khúc mắc tranh chấp đất đai.Công văn cũng xác nhận việc xây dựng vi phạm từ năm 2009, đến tháng 10/2016 đại diện Sở VH&TT kiểm tra ghi nhận tại khuôn viên chùa vẫn đang xây dựng 3 tòa nhà đã xong tầng 1, đang xây tầng 2, nhà chùa tự ý xây mới hạng mục nhà tăng trong khuôn viên di tích. Phòng VH&TT huyện Thanh Oai đã yêu cầu UBND xã Cự Khê kiểm tra và yêu cầu nhà chùa dừng xây dựng. Tuy nhiên, bất chấp những yêu cầu của cơ quan chắc năng, khi tháng 8/2017 đoàn kiểm tra lại, tòa nhà đến nay đã xong cả 3 tầng và hoàn thiện thô, nhà tăng cũng đã được xây xong.Sau khi tiếp nhận thông tin báo Kinh tế & Đô thị phản ánh, ngày 30/10/2017, Sở VH&TT Hà Nội cùng UBND huyện Thanh Oai tiếp tục kiểm travà ghi nhận lại những vi phạm trên chưa được khắc phục. Sở VH&TT Hà Nội đề nghị UBND huyện Thanh Oai Tổ chức cắm mốc giới khu vực bảo vệ di tích, tổ chức quản lý mặt bằng và không gian di tích chùa Khúc Thuỷ. Tuyên truyền giải thích vận động bỏ thảm trải nền nhà Tiền đường, các tranh trang trí không phù hợp, các mảng rèm trang trí tại nhà Tổ đôi sư tử đá trước nhà Tam bảo, xong trong tháng 11/2017; có kế hoạch thực hiện di dời những pho tượng Phật vật kiến trúc không có tại thời điểm xếp hạng di tích ra ngoài khuôn viên di tích, xử lý các vi phạm trật tự xâ y dựng, không để xảy ra vi phạm mới tại di tích.
