6 bị cáo bị đưa ra xét xử về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” gồm: Phạm Hải Bằng (SN 1969) - nguyên Phó Giám đốc RPMU, Nguyễn Nam Thái (SN 1977) - nguyên Trưởng phòng Dự án 3 RPMU, Trần Văn Lục (SN 1958) - nguyên Giám đốc RPMU; Trần Quốc Đông (SN 1964) - nguyên Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam và nguyên Giám đốc RPMU, Nguyễn Văn Hiếu (SN 1962) - nguyên Giám đốc RPMU và Phạm Quang Duy (SN 1975) - nguyên Phó Giám đốc RPMU.
Theo cáo trạng, trong khoảng thời gian từ tháng 9/2009 - 2/2014, Phạm Hải Bằng được bổ nhiệm làm Chủ nhiệm dự án xây dựng đường sắt đô thị Hà Nội (tuyến số 01, giai đoạn 1) đã trực tiếp thỏa thuận với đại diện nhà thầu JTC (Công ty Tư vấn giao thông Nhật Bản) để nhà thầu hỗ trợ kinh phí cho RPMU sử dụng vào mục đích liên quan đến thực hiện dự án và đã được JTC đồng ý hỗ trợ. Tổng số tiền các nhân viên JTC chuyển cho Bằng, Thái và Duy khoảng 11 tỷ đồng (chi tiền ngoài hợp đồng).
Toàn bộ số tiền này đã được các bị cáo sử dụng chi phí cho lễ ký kết hợp đồng, chi tiếp khách, hội họp, đi lại, lễ, Tết, làm ngoài giờ… để vụ lợi cho tập thể, trong đó có quyền lợi cá nhân. Bên cạnh đó, các bị can Trần Văn Lục, Trần Quốc Đông, Nguyễn Văn Hiếu và Phạm Quang Duy biết việc Bằng nhận tiền từ JTC nhưng đã im lặng để việc phạm tội diễn ra. Ngoài ra, các bị cáo này còn nhận từ Bằng quà lễ, Tết với số tiền từ 30 - 100 triệu đồng.
Tại phiên tòa, trả lời các câu hỏi của HĐXX, bị cáo Phạm Hải Bằng cho hay, hợp đồng tư vấn thiết kế với JTC có tổng giá trị giai đoạn 1 là 2,9 tỷ Yên Nhật. Ngay sau khi dự án được triển khai, do lường trước một số khó khăn có thể phát sinh nên đã đề xuất thay đổi một số nội dung trong phụ lục hợp đồng. Phụ lục hợp đồng được các cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam và JICA phê duyệt. Sau khi thay đổi, tổng giá trị tăng gần 7% so với hợp đồng cũ. Theo lý giải của Bằng, việc tăng số tiền Yên Nhật và giảm tiền VND do số tiền vượt trội trong việc thuê các chuyên gia nước ngoài tham gia tư vấn thiết kế dự án.
Nói về khoản kinh phí 3 triệu Yên trong lễ ký kết hợp đồng, Bằng cho biết, đây là ý kiến của đối tác. Còn về việc quyết toán khoản tiền ngoài hợp đồng như thế nào, Bằng cho rằng không biết và không nhớ nhận bao nhiêu lần từ nhà thầu.
Về khoản tiền 11 tỷ đồng ngoài hợp đồng, Bằng cho rằng, khoản này đáng lẽ ra phía liên doanh tư vấn phải dùng để thực hiện các khoản cho hội nghị, hội thảo… nhưng do họ không nắm được thủ tục nên trong quá trình thực hiện, RPMU đã thay mặt liên doanh tư vấn thực hiện các khoản chi tiêu này. Còn đối với việc chuyển tiền cho Trần Văn Lục, Trần Quốc Đông và Nguyễn Văn Hiếu, Bằng khai nhận, đã chuyển 100 triệu đồng cho Lục để cảm ơn và thời điểm chuyển là vào dịp Tết năm 2010 khi bị cáo Lục đã chuyển công tác.
Đối chất về vấn đề này tại phiên tòa, bị cáo Lục cho biết, Bằng không thông báo cho bị cáo biết việc nhận tiền từ JTC. Vào dịp Tết 2010, Bằng có mang túi quà đến nhà bị cáo nhưng cũng không nói gì. Đến sau Tết, khi kiểm tra túi quà, bị cáo mới biết có 100 triệu đồng…
Ngoài chuyển tiền cho bị cáo Lục, Bằng còn chuyển tiền cho bị cáo Trần Quốc Đông 2 lần với tổng số tiền 30 triệu đồng. Và theo Bằng, đây cũng là món quà gửi lãnh đạo vào dịp Tết. Lý giải về việc này, Đông cho rằng, khi nhận số quà biếu là tiền đó, bị cáo đã không suy nghĩ sâu sắc nên đã không biết nguồn tiền mà Bằng làm quà biếu là tiền bất chính từ JTC. Tại phiên tòa, Bằng còn khai nhận, có đưa cho bị cáo Nguyễn Văn Hiếu 50 triệu đồng, nhưng Hiếu đã phủ nhận việc này.
HĐXX cũng đã tiến hành thẩm vấn 2 bị cáo Nguyễn Nam Thái và Phạm Quang Duy. Trả lời các câu hỏi của HĐXX, bị cáo Thái cho biết, chỉ nhận tiền gián tiếp của JTC từ Bằng. Còn bị cáo Duy lại khẳng định, nhận một lần trực tiếp từ phía đối tác Nhật Bản số tiền 3 triệu Yên, sau đó đem đổi sang tiền VND để tổ chức lễ ký kết hợp đồng. Chi phí chung của số tiền ngoài hợp đồng này được dùng cho chi phí của BQL dự án, nghỉ mát, chi phí cho Đoàn thanh niên, Hội phụ nữ…
Kết thúc phần thẩm vấn, Tòa chuyển sang phần tranh luận với việc đại diện VKS đã đưa ra quan điểm đối với vụ án. Theo nhận định của đại diện VKS, cáo trạng truy tố bị cáo là đúng người đúng tội, đúng pháp luật. Cụ thể: Đối với bị cáo Phạm Hải Bằng, VKS khẳng định đã làm trái quy định được giao để nhằm hưởng lợi số tiền 11 tỷ đồng. Bị cáo phạm tội tích cực, đứng ra đàm phán để hưởng lợi và bản thân bị cáo giữ vai trò chính.
Đối với bị cáo Phạm Quang Duy - nguyên là một điều phối viên nhưng khi được Bằng chỉ đạo, biết rõ Bằng gợi ý để lấy tiền ngoài hợp đồng của JTC nhưng bị cáo đã hưởng ứng. Bị cáo đã nhận trực tiếp một lần từ đối tác Nhật Bản và nhiều lần nhận tiền từ Bằng. Bản thân bị cáo Duy cũng hưởng lợi hơn 35 triệu đồng.
Đối với bị cáo Nguyễn Nam Thái cũng nhiều lần nhận tiền từ Bằng và JTC với tổng số tiền 3,4 tỷ đồng. Số tiền này được đưa vào sử dụng tổ chức hội thảo, hội họp…
Đối với bị cáo Trần Văn Lục, được Bằng báo cáo JTC hỗ trợ tiền để tổ chức lễ ký kết hợp đồng nhưng bị cáo vẫn bỏ mặc nên đã dẫn đến hậu quả như hôm nay và bản thân bị cáo cũng đã hưởng lợi 100 triệu đồng.
Đối với bị cáo Trần Quốc Đông, cũng biết việc chi tiền có nguồn gốc từ JTC cho việc đưa hỗ trợ nhân viên của RPMU đi nghỉ mát. Bản thân Đông được hưởng lợi 30 triệu đồng.
Đối với bị cáo Nguyễn Văn Hiếu, đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao bỏ qua nhiều quy trình quy định theo pháp luật để giải ngân cho nhà thầu. Bản thân bị cáo được hưởng lợi 50 triệu đồng.
Từ những nhận định này, đại diện VKS đã đưa ra đề nghị mức án đối với từng bị cáo. Theo đó, bị cáo Phạm Hải Bằng bị đề nghị từ 11 - 13 năm tù giam, bị cáo Nguyễn Nam Thái bị đề nghị từ 10 - 12 năm tù giam, bị cáo Phạm Quang Duy bị đề nghị mức án từ 8 - 10 năm tù giam, bị cáo Trần Văn Lục bị đề nghị mức án từ 6 - 8 năm tù giam, bị cáo Trần Quốc Đông bị đề nghị mức án từ 7 - 9 năm tù giam và bị cáo Nguyễn Văn Hiếu bị đề nghị mức án từ 7 - 9 năm tù giam. Ngoài ra, VKS cũng đề nghị HĐXX buộc các bị cáo phải bồi hoàn số tiền 11 tỷ đồng.