Thông tư quy định đối tượng nộp phí là tổ chức, cá nhân đăng ký cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen phải nộp phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen theo hướng dẫn tại Thông tư này.
Cơ quan thu phí là Cơ quan quản lý nhà nước được Bộ Tài nguyên và Môi trường giao cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen (Cục Bảo tồn đa dạng sinh học thuộc Tổng cục Môi trường) có trách nhiệm tổ chức thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen theo quy định. Mức thu phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen là 70.000.000 đồng/01 lần thẩm định. Thời hạn nộp phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học chậm nhất sau năm (05) ngày kể từ khi nhận được thông báo bằng văn bản của cơ quan tiếp nhận hồ sơ chấp nhận hồ sơ đăng ký là hợp lệ. Cơ quan thu phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen được để lại 80% (tám mươi phần trăm) số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho công tác thẩm định và thu phí theo nội dung quy định. Tổng số tiền thu được còn lại 20% (hai mươi phần trăm) cơ quan thu phí phải nộp vào ngân sách nhà nước theo chương, mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/5/2014.
