Không gay gắt yêu cầu đập bỏ công trình Hương nghiêm pháp đường như giai đoạn tranh tra trước đây, các nhà khoa học đề xuất phải đổi tên Hương nghiêm pháp đường. Vì thực chất đây là công trình tổ hợp nhà khách phục vụ công việc tiếp khách của nhà chùa, không mang ý nghĩa tâm linh. Ngoài ra, Đại diện Ban quản lý di tích, danh thắng Hà Nội mong muốn khi tu sửa đơn vị thực hiện cần giảm bớt phần sân lát gạch đá, bổ sung một số bồn cây trồng để che bớt quy mô hạng mục, điều chỉnh thiết kế toàn bộ con giống xung quanh hệ thống thoát nước, lan can đá... Theo ý kiến của GS.TS Trần Lâm Biền, công trình cần sửa các chi tiết như đầu trụ lan can vì có hình thức giống cung điện Trung Quốc. Tất cả chi tiết chỉnh sửa đều phải có thiết kế, do các kiến trúc sư hiểu biết về đạo Phật thực hiện, đặc biệt phải có sự phê duyệt của cơ quan chức năng. Hiện nay, theo báo cáo của Ban quản lý di tích danh thắng Hà Nội, đơn vị đã tiếp nhận hồ sơ bản vẽ kỹ thuật, thiết kế kỹ thuật kết cấu của công trình nhà khách, hợp đồng xây dựng của Ban Xây dựng chùa Hương và đơn vị thi công. Tuy nhiên, các hồ sơ về công trình Hương nghiêm pháp đường đều không có dấu của cơ quan quản lý có thẩm quyền.
Bên cạnh vi phạm xây dựng không phép công trình Hương nghiêm pháp đường, sau khi thanh tra, kiểm tra, cơ quan quản lý văn hóa còn phát hiện những sai phạm trong công tác tu bổ của công trình gác chuông chùa Thiên Trù. Mặc dù, gác chuông chùa Thiên Trù thực hiện đúng thủ tục quy trình của Luật Di sản nhưng trong quá trình thi công không thực hiện đúng thỏa thuận. Sở VH&TT Hà Nội yêu cầu đơn vị tu bổ cạo toàn bộ màu sơn công nghiệp ở các cột gỗ, trả lại màu gỗ tự nhiên. Đá chân tảng cần bổ sung hoa văn hoa sen đúng truyền thống. Ngoài ra, Sở yêu cầu UBND huyện Mỹ Đức thành lập ngay hội đồng đánh giá phân loại các cấu kiện hạ giải của gác chuông.
“Sau hội nghị này, Sở VH&TT sẽ làm văn bản báo cáo chính thức gửi UBND TP Hà Nội và Bộ VHTT&DL” - ông Trương Minh Tiến - Thứ trưởng Bộ VHTT&DL chia sẻ. Tuy nhiên, trước mắt, Sở yêu cầu UBND huyện Mỹ Đức khắc phục bằng các hình thức: Bỏ toàn bộ tháp đá nhỏ 11 tầng, thay bằng chậu hoa nhỏ, sơn lại bề mặt của toà nhà công trình Hương nghiêm pháp đường. Giai đoạn tiếp theo, địa phương đề xuất phương án thiết kế chi tiết để xin ý kiến của các cấp có thẩm quyền.