Mật ong tốt là mật ong đã chín (mật ong được chứa trong lỗ tổ đã vít nắp) có hàm lượng nước dưới 21%, đường khử khoảng 70%, đường đa dưới 5%..., không lẫn tạp chất, không có dư lượng thuốc kháng sinh, khai thác đúng kỹ quy trình, đảm bảo vệ sinh… Để biết chất lượng mật ong, các chuyên gia sẽ phân tích trong phòng thí nghiệm để xác định độ thủy phân, hàm lượng đường đơn, đường đa, HMF (Hydroxy Metyl Furfural)… Tuy nhiên, với người bình thường, có thể xác định bằng cách đơn giản là cân. Nếu 1 lít mật ong cân được bằng hoặc lớn hơn 1,4 kg là mật ong đặc. Ngoài ra cần quan sát nếu thấy mật ong trong, có mùi thơm đặc trưng của hoa, màu sắc có thể là màu vàng, vàng chanh, nâu, xanh (phụ thuộc loại hoa mà ong hút mật), không lẫn tạp chất, không có mùi thuốc kháng sinh là mật ong tốt. Tuy hạn sử dụng của mật ong khoảng 2 năm, nhưng thời tiết ở nước ta nóng ẩm, bởi vậy nếu có mật ong nên dùng hàng ngày, không để quá lâu, vì mật ong để quá lâu nếu bảo quản không tốt sẽ giảm chất lượng hoặc bị hỏng. Để mật ong giữ được chất lượng tốt, nên chứa mật ong trong dụng cụ sạch (chai, lọ thủy tinh, can đựng thực phẩm) và được nút kín để tránh mật ong hút nước trở lại. Những loại mật ong có đặc tính kết tinh như mật ong cao su, mật ong hoa cỏ lào, bạc hà, chân chim… cần để trong lọ miệng rộng để dễ lấy. Mật ong cần bảo quản nơi sạch sẽ, thoáng mát. Không phơi hoặc đun nóng mật ong trực tiếp. Nếu mật ong có độ thủy phần trên 22%, trong điều kiện trời nóng và để lâu sẽ dễ lên men, màu sắc thay đổi, chất lượng sẽ giảm và nhất là sinh chất độc HMF có hại cho cơ thể. Với những loại mật ong không có đặc tính kết tinh như mật ong hoa nhãn, hoa vải, hoa táo…, có thể để trong ngăn mát tủ lạnh để bảo quản.