Việc thực hiện các thủ tục hành chính trên một số lĩnh vực còn gây khó khăn, bức xúc cho người dân, vẫn còn nhiều hồ sơ giải quyết không đúng hẹn làm người dân phải đi lại nhiều, phải mất những khoản chi phí ngoài quy định. Có nơi người dân và tổ chức vẫn phải gặp cán bộ các phòng chuyên môn sau khi đã nộp hồ sơ tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả. Đây cũng là “mảnh đất” phát sinh tiêu cực trong hoạt động của cơ quan hành chính. Bên cạnh đó, việc triển khai thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông ở các địa phương chưa thống nhất, dẫn đến mô hình tổ chức bộ phận tiếp nhận và trả kết quả có sự khác nhau. Đối với cơ chế liên thông, có thể thấy sự “liên thông” trong xử lý các công việc cho người dân và tổ chức còn thấp, nên mặc dù thực hiện liên thông nhưng người dân và tổ chức vẫn phải đến nhiều nơi để giải quyết các thủ tục hành chính. Thực hiện liên thông giữa các cấp hành chính còn khó khăn, đặc biệt là liên thông giữa cơ quan hành chính ở địa phương với cơ quan ngành dọc của Trung ương đóng trên địa bàn thì phần lớn các địa phương chưa thực hiện được. Trong cải cách nền hành chính nhà nước, cải cách thủ tục hành chính là nhiệm vụ quan trọng và cơ bản nhất. Thực tế tại nhiều địa phương cho thấy thủ tục hành chính còn rất rườm rà, phức tạp, việc tiếp nhận và giải quyết hồ sơ còn thiếu khoa học, thu lệ phí, phí ở nhiều nơi chưa đúng quy định. Nhiều cán bộ công chức ở bộ phận tiếp nhận và giải quyết thủ tục hành chính còn thiếu thái độ tôn trọng công dân, tổ chức đến liên hệ công việc còn tồn tại tình trạng cửa quyền, sách nhiễu. Để cải cách nền hành chính nhà nước, coi trọng đến những vấn đề then chốt như công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, nâng cao tinh thần trách nhiệm, đạo đức công vụ, đấu tranh chống lại các hành động quan liêu, tham nhũng, sách nhiễu. Cải cách hành chính để đảm bảo cho bộ máy nhà nước vận hành thông suốt. coi trọng việc cải cách đơn gian hóa các thủ tục hành chính, giảm bớt các khâu xét duyệt giấy tờ không cần thiết. Đặc biệt lưu ý tới việc soạn lại các quy định thật cơ bản thiết thực đã tính toán chính xác để thi hành có hiệu quả. Thực tế công tác cải cách thủ tục hành chính những năm gần đây đã cho thấy quyết tâm cao độ của cấp ủy Đảng, chính quyền thành phố Hà Nội. Việc thực hiện đơn giản hóa thủ tục hành chính và cơ chế “một cửa”, “một cửa liên thông” đã nâng cao hiệu lực, hiệu quả làm việc của các cơ quan hành chính nhà nước, công dân và tổ chức khi có nhu cầu giải quyết các công việc liên quan tới thủ tục hành chính cũng được dễ dàng và thuận tiện hơn. Đề nghị sớm ban hành Nghị định về thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông tại các cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương nhằm nâng cao hiệu lực pháp lý và tính thống nhất trong thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông tại địa phương. Nghị định này, sẽ tạo hành lang pháp lý chặt chẽ, đầy đủ hơn cho việc thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông tại địa phương, bao gồm quy định rõ các lĩnh vực công việc thực hiện theo cơ chế một cửa, các lĩnh vực công việc thực hiện theo cơ chế một cửa liên thông; các điều kiện cần thiết về cơ sở vật chất, cán bộ, công chức, tài chính, cơ chế, chính sách trong việc thực hiện cơ chế một cửa, cơ chế một cửa liên thông và quy định rõ trách nhiệm của các bộ, ngành, địa phương trong việc tổ chức thực hiện cơ chế một cửa, cơ chế một cửa liên thông.