Sau khi nghiên cứu Thuyết minh tóm tắt đồ án, đối chiếu với các quy hoạch được duyệt và các quy định có liên quan, UBND thành phố Hà Nội đánh giá, nhìn chung, Đồ án điều chỉnh Quy hoạch chi tiết Khu Trung tâm chính trị Ba Đình (tỷ lệ 1/2000) được nghiên cứu khoa học, chi tiết, công phu; cơ bản phù hợp với định hướng tại quy hoạch chung Thủ đô được duyệt và chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Tuy nhiên, UBND TP Hà Nội cho rằng, về trình tự pháp lý, theo quy định thì việc điều chỉnh quy hoạch cần phải xin ý kiến cộng đồng, còn nếu đây là đồ án đặc thù thì cần nêu rõ khi trình Thủ tướng phê duyệt. Về nội dung đồ án, UBND Thành phố đặc biệt quan tâm đến việc di chuyển các cơ quan Bộ. Cụ thể, địa điểm mới của Bộ Kế hoạch và Đầu tư được di dời về vị trí Nhà máy in Tiến Bộ cần phải được xem xét cụ thể, vì tại phần Khu chức năng hỗ trợ vẫn tiếp tục đề xuất di chuyển Bộ Tư pháp về vị trí này. Trong khi đó, theo quy hoạch mạng lưới trường học, tại vị trí Nhà máy in Tiến Bộ dự kiến bố trí các công trình giáo dục cho phường Điện Biên gồm Nhà trẻ, trường Tiểu học và Trung học cơ sở, do vậy sẽ không đủ quỹ đất cho các chức năng trên. Như vậy, theo Hà Nội, dù di chuyển Bộ Tư pháp (theo phân khu chức năng) hay Bộ Kế hoạch và Đầu tư (theo phần Các cơ quan Trung ương Đảng) về vị trí này đều không hợp lý. Với các khu chức năng hỗ trợ hoạt động Trung tâm chính trị Ba Đình, theo quy hoạch chung Thủ đô được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt năm 2011, khu vực Sân vận động Hàng Đẫy được xác định chức năng là đất thể thao, nên việc đề xuất chuyển đổi một phần sang xây khách sạn và dịch vụ công cộng là không phù hợp với quy hoạch chung được phê duyệt. Theo Hà Nội, tại đây chỉ nên dành cho các công trình thể thao. Hà Nội cũng đề nghị Đồ án cần cập nhật hệ thống các công trình hạ tầng kỹ thuật mà UBND TP đang triển khai, đặc biệt là tuyến đường sắt đô thị số 2 qua phía Bắc khu vực quy hoạch. Trước đó, Thủ tướng Chính phủ cũng đã có ý kiến về việc điều chỉnh Quy hoạch chi tiết Khu trung tâm Chính trị Ba Đình. Theo đó, Thủ tướng yêu cầu, việc điều chỉnh cần nghiên cứu cụ thể các nội dung về tổ chức không gian, bảo đảm chức năng, các vấn đề về hạ tầng kỹ thuật, giao thông... đáp ứng các yêu cầu làm việc cho các cơ quan Trung ương trong nhiều năm tới. Thủ tướng đồng ý đề xuất của Bộ Xây dựng về chủ trương xây dựng Khu tổ hợp khách sạn, dịch vụ phục vụ cho các hoạt động chung các cơ quan Trung ương trong Khu trung tâm chính trị Ba Đình, tại số 6-8 Chu Văn An và số 37 Hùng Vương - Lô H6. Khu tổ hợp này có quy mô khoảng 600 phòng nghỉ, được đầu tư hiện đại, đồng bộ và giao cho một cơ quan có năng lực để thống nhất quản lý, vận hành. Khu vực vườn hoa Bách Thảo là không gian xanh được khai thác sử dụng chung cho nhân dân và khối các cơ quan Trung ương khi cần. Khi bố trí các công trình trong khu vực chú ý sử dụng không gian vườn hoa Bách Thảo để tạo được một không gian, quần thể thống nhất. Các biệt thự có giá trị kiến trúc trong Khu trung tâm chính trị Ba Đình cần được cải tạo, chỉnh trang và phục vụ cho mục đích chung. Thực hiện bảo tồn, giữ gìn nhà làm việc của Bác Tôn, Bác Đồng để làm nhà lưu niệm. Thủ tướng cũng yêu cầu tiếp tục nghiên cứu bố trí địa điểm lễ tân, tiếp khách của Chính phủ, có thể kết hợp trong Tòa nhà Chính phủ mới và cải tạo từ một biệt thự có giá trị cao về lịch sử, kiến trúc trong Khu trung tâm chính trị Ba Đình.