Lý do được Sở GTVT đưa ra là trong quá trình kiểm tra từ ngày 1/1 đến 13/6/2013, Thanh tra Sở GTVT đã lập nhiều biên bản vi phạm hành chính đối với các xe khách chạy sai lộ trình để đón khách tại khu vực Bến xe Mỹ Đình. Trong đó, xe của Công ty Khai Nguyên mắc lỗi vi phạm và tái phạm nhiều lần. Sở GTVT yêu cầu Phòng Quản lý vận tải thu hồi phù hiệu tuyến cố định và sổ nhật trình đối với các xe bị cắt nốt đồng thời đề nghị các bến xe tại Hà Nội và Thái Bình cắt hợp đồng, không cho các xe bị cắt "nốt" vào bến khai thác.
