Theo đó, Bộ này đề xuất phương án một, sẽ thành lập Ủy ban quản lý, giám sát DNNN thuộc Chính phủ. Phương án hai, sẽ lập bộ quản lý ngành thực hiện chức năng đại diện chủ sở hữu Nhà nước thuộc các tập đoàn kinh tế, tổng công ty Nhà nước cũng như ở các DNNN công ích hoặc nhỏ hơn đang do UBND cấp tỉnh, Tổng Công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn Nhà nước (SCIC) thực hiện chức năng đại diện chủ sở hữu. Hiện, nhiều ý kiến đóng góp nghiêng về phương án một vì giúp kiểm soát tốt hơn và dễ xác định, xử lý trách nhiệm của người đứng đầu; Tạo lập sân chơi bình đẳng giữa DNNN và các thành phần kinh tế khác.