Theo Thông tư, Biểu mức thu phí sử dụng đường bộ trạm thu phí Mỹ Lộc (các mức thu đã bao gồm thuế giá trị gia tăng) được quy định cụ thể: với xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng sẽ thu 20.000 đồng/lượt, 600.000 đồng/tháng và 1.600.000 đồng/quý. Xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi, xe có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn sẽ là: 30.000 đồng/lượt, 900.000 đồng/tháng và 2.400.000 đồng/quý với vé quý. Xe từ 31 ghế ngồi trở lên, xe có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn áp dụng mức thu phí 44.000 đồng/lượt; 1.300.000 đồng/tháng và 3.600.000 đồng/quý. Xe có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chở hàng bằng container 20 fit thu 80.000 đồng/lượt; 2.400.000 đồng/tháng và 6.400.000 đồng/quý. Xe có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng bằng container 40 fit áp dụng mức phí là 160.000 đồng/lượt; 4.800.000 đồng/tháng và 13.000.000 đồng/quý. Tải trọng của từng loại phương tiện áp dụng mệnh giá trên là tải trọng theo thiết kế (trọng tải hàng hóa), căn cứ vào Giấy chứng nhận đăng ký xe do cơ quan có thẩm quyền cấp. Đối với việc áp dụng mức thu phí đối với xe chở hàng bằng container (bao gồm cả đầu kéo moóc chuyên dùng): áp dụng mức thu theo tải trọng thiết kế của xe, không phân biệt có chở hàng hay không chở hàng, kể cả trường hợp chở hàng bằng container có tải trọng ít hơn tải trọng thiết kế vẫn áp dụng mức thu theo tải trọng thiết kế. Thông tư quy định phí sử dụng đường bộ trạm thu phí Mỹ Lộc được thu, nộp, quản lý và sử dụng theo quy định đối với đường bộ đầu tư để kinh doanh hướng dẫn tại mục IV phần II của Thông tư số 90/2004/TT-BTC. Tổng số tiền thu phí hàng năm sau khi trừ chi phí tổ chức thu, trừ các khoản thuế theo quy định, được xác định là khoản tiền thu phí hoàn vốn trong phương án tài chính thu phí hoàn vốn BOT. Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1/6 tới đây và thay thế Thông tư số 10/2010/TT-BTC ngày 18/01/2010 của Bộ Tài chính, quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ trạm thu phí Mỹ Lộc, tỉnh Nam Định.