Theo đánh giá của Hội đồng nghiệm thu Nhà nước, công trình hiện vẫn còn tồn tại một số vấn đề như ở gói thầu A1, A2, A3 (đoạn Nội Bài - Phú Thọ) chưa làm theo đúng quy trình thi công nghiệm thu các lớp cấp phối đá dăm. Các gói thầu này không tổ chức đường tạm cho xe đi lại nên các lớp vật liệu thi công xong xuất hiện hiện tượng phân tầng, bong bật. Gói thầu A7, A8 (đoạn Lào Cai) một số vị trí chưa tuân thủ thiết kế, chưa có giải pháp thoát nước cho nền đường đào. Tại gói thầu A8-Km 229+00 tính đồng nhất của vật liệu không được tuân thủ, nền đắp không được san bằng nhưng vẫn cho tiến hành lu…
Đoạn mặt đường bê tông át phan đang được hoàn thiện.
Theo báo cáo của Ban Quản lý dự án đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai, tính đến thời điểm này các gói thầu xây lắp đều bị chậm so với kế hoạch do công tác giải phóng mặt bằng. Hiện vẫn còn một số vị trí tồn tại như tại gói thầu A1 còn 0,4km chiều dài vướng mặt bằng không thể thi công; gói thầu A2 còn 2 hộ và người dân tiếp tục ra cản trở thi công; gói thầu A5 có phát sinh vướng mắc về mặt bằng 0,127ha và 0,18km…
Dự án được khởi công từ năm 2009 và dự kiến hoàn thành vào năm 2013.