Theo thống kê của Sở Nội vụ về tổ chức bộ máy sự nghiệp công lập thuộc TP, từ năm 2011 đến nay, số đơn vị sự nghiệp công lập được thành lập mới tăng hàng năm. Đến năm 2014, tổng số đơn vị sự nghiệp công lập của TP là 2.762 đơn vị, tăng 15 đơn vị và tăng chủ yếu ở khối giáo dục. Tuy nhiên, xung quanh công tác quản lý, sử dụng biên chế công chức, viên chức và lao động hợp đồng, một vấn đề được các thành viên đoàn giám sát đặt ra là trách nhiệm của Sở Nội vụ trong kiểm soát tình trạng số lượng cán bộ, công chức hiện có ở một số đơn vị vẫn thấp hơn chỉ tiêu biên chế được giao, nhưng lại sử dụng lao động hợp đồng vượt quá quy định. Theo giải trình của Sở Nội vụ, việc ký hợp đồng lao động vượt quá chỉ tiêu biên chế được giao xảy ra ở nhiều sở và các quận, huyện. Trong đó, nhiều nhất là Sở QH - KT, TN&MT, Xây dựng, huyện Thạch Thất… Các mức lương cho hợp đồng lao động lấy từ nhiều nguồn, không đồng nhất về mức chi trả và không phải đơn vị nào cũng đóng BHXH. Tuy nhiên, các hợp đồng này đều do đơn vị tự ký và không thông qua Sở Nội vụ, nên chỉ có thể phát hiện qua thanh tra, kiểm tra, rà soát và Sở đã có đề xuất TP hướng xử lý. Chủ tịch HĐND TP Ngô Thị Doãn Thanh đề nghị Sở Nội vụ cần quyết liệt hơn về thời gian, giải pháp xử lý các vi phạm ở từng đơn vị sau khi có kết luận thanh tra, kiểm tra. Đồng thời, Sở Nội vụ cần tập trung tham mưu cho TP, các đơn vị giải pháp chấm dứt việc sử dụng lao động hợp đồng làm công tác chuyên môn, thanh lý các hợp đồng lao động do đơn vị tự ký không đúng quy định, giải quyết dứt điểm các hạn chế trong quản lý biên chế ở từng đơn vị. Tham mưu xây dựng các kế hoạch, đề án cụ thể triển khai thực hiện Nghị quyết T.Ư 7 Khóa XI. Cùng với đó, tăng cường thanh tra, kiểm tra và tiếp tục đổi mới công tác thi tuyển công chức, viên chức.