Các phương án cụ thể gồm hoàn thiện bản đồ kiểm soát mực nước trên hệ thống, phương án nạo vét theo lưu vực, thu gom rác thải trên mương sông, cửa cống; lập dự án xử lý điểm, khu vực úng ngập; lên phương án ứng trực, xử lý úng ngập; trang bị máy bơm di động ứng trực khi có mưa lớn...
Năm 2013, TP Hà Nội đang tiến hành các bước chuẩn bị đầu tư 5 dự án thoát nước khu vực Đuôi Cá - Trương Định, Hàm Nghi, Minh Khai, Vũ Xuân Thiều, Đội Cấn (từ Giang Văn Minh đến Liễu Giai).
Nhiều thiết bị được trang bị thêm để tăng khả năng thoát nước tại chỗ.
Mùa mưa năm 2012, Công ty đã duy trì nạo vét 100% trục mương tiêu thoát; toàn bộ các tuyến cống, rãnh đều được nạo vét bằng dây chuyền cơ giới; hệ thống thu (cống ngang, ga thu) nạo vét định kỳ 1 lần/tháng... Đặc biệt, Công ty đã thi công, đưa vào vận hành kịp thời 7 dự án thoát nước, khởi công xây dựng 1 trạm bơm, 2 dự án cải tạo thoát nước.
Theo Kế hoạch phát triển hạ tầng thoát nước đô thị thành phố Hà Nội giai đoạn 2011-2015, thành phố Hà Nội phải cần trên 14.000 tỷ đồng để thực hiện 13 dự án thoát nước đô thị. Trong đó có trên 7.900 tỷ đồng vốn ODA, trên 1.300 tỷ đồng vốn xã hội hóa và còn lại là vốn ngân sách trên 4.900 tỷ đồng.
Trong khu vực nội thành (thuộc lưu vực sông Tô Lịch), thành phố sẽ tập trung hoàn thành Dự án thoát nước nhằm cải thiện môi trường Hà Nội (giai đoạn II) vào cuối năm 2014, đảm bảo thoát nước, cơ bản xóa bỏ tình trạng úng ngập của các quận nội thành (Hoàn Kiếm, Ba Đình, Đống Đa, Hai Bà Trưng, Tây Hồ, Thanh Xuân, Hoàng Mai, Cầu Giấy) với trận mưa cường độ 310mm/2 ngày có chu kỳ bảo vệ là 10 năm.