Tuy nhiên, hạn chế về kinh nghiệm quản lý khiến HP.HN phải trả giá đắt cho nhiều cuộc bán mua. Mùa giải 2008, đội bóng này đã phải xuống hạng và chỉ mới trở lại vào cuối mùa giải qua bằng một cuộc “cách mạng” về nhân sự.
HLV Nguyễn Thành Vinh đã mang đến làn gió mới cho đội bóng Thủ đô. Ông tiến hành trẻ hóa đội ngũ. Thế nhưng, bước vào đấu trường khắc nghiệt như V.League buộc lòng HP.HN phải làm mới mình, tìm kiếm những cầu thủ đẳng cấp hơn. Và người ta lại chờ đợi vào những “cơn mưa tiền” từ các ông chủ hào phóng. Và HP.HN không ồn ào, mà mua bán có chọn lọc. Dường như những bài học trong quá khứ và sự lọc lõi của bộ đôi Nguyễn Thành Vinh - Vũ Hạng đã giúp HP.HN “lặng lẽ, có chiều sâu” trên thị trường chuyển nhượng.
Bốn bản hợp đồng đáng chú ý nhất của HP.HN trong kỳ chuyển nhượng vừa qua là Trọng Lộc, Timothy, Eduardo và Công Danh. Trọng Lộc là “nhạc trưởng” tại Nam Định và giá của anh không hề rẻ. Timothy là “sát thủ” ở V.League nên chi phí cho anh rất đắt. Số tiền bỏ ra để chiêu mộ Eduardo - “Vua phá lưới” giải hạng Nhất cũng rất cao. Có thể nói, HP.HN giờ không mua “cả mớ” ngôi sao mà chọn lọc những vị trí đang thiếu trong đội hình và dốc tiền để có được cầu thủ mình muốn. Bên cạnh đó, HP.HN không ngần ngại sử dụng các cầu thủ trẻ, thậm chí chưa thành danh mà tiền vệ phải Ngô Đức Thắng là một ví dụ. Anh mới được đôn lên từ đội U21 và sẽ cùng cầu thủ rất trẻ khác là Thành Trung mang đến niềm hy vọng cho HP.HN ở mùa giải này.
Bây giờ, HP.HN không chạy theo số lượng, “chơi ngông” để thể hiện bản lĩnh mà cố gắng đi tìm hiệu quả trong mỗi bản hợp đồng và cho thấy quyết tâm làm bóng đá một cách chuyên nghiệp. Họ đã thực sự trưởng thành về tư duy quản lý bóng đá.