Tuy nhiên, kể từ khi khởi công dự án xây dựng cầu Vĩnh Thịnh đến nay Cục Đường thủy nội địa Việt Nam và Ban QLDA Thăng Long (chủ đầu tư) đã có công văn đề nghị di dời phà Vĩnh Thịnh để đảm bảo an toàn khi thi công cầu, vị trí bến phà mới cách thượng lưu cầu 500m đến 1.000m. Trước các kiến nghị trên, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã khẳng định cầu Vĩnh Thịnh được xây dựng trên tuyến đường bộ đang khai thác, chủ đầu tư và nhà thầu chịu trách nhiệm toàn bộ đối với việc tổ chức đảm bảo ATGT trong quá trình xây dựng cầu. Đặc biệt, nếu bến phà ngừng hoạt động sẽ làm gián đoạn giao thông tuyến QL 2C, ảnh hưởng đến vận chuyển hàng hóa, đi lại của người dân.