Về kết luận thiết kế cơ sở chưa đề xuất được phương án tối ưu dẫn đến phải thay đổi hướng tuyến làm tăng tổng mức đầu tư, ông Mai Tuấn Anh - Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đầu tư và Phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) cho rằng, ban đầu, việc xây dựng cao tốc theo hướng Tây QL1A. Tuy nhiên sau đó, xét thấy phương án phía Đông có nhiều ưu điểm hơn nên đã có sự điều chỉnh về hướng này.
Về quản lý chất lượng, các chỉ tiêu kiểm định cơ bản đảm bảo, chỉ có một số chỉ tiêu của một số gói thầu chưa đạt về thành phần hạt, độ dày, độ bằng phẳng. Tuy nhiên, do dự án đi qua vùng đất yếu nên các hiện tượng lún là khó tránh khỏi. Ngoài ra, theo tiêu chuẩn, độ lún cho phép là 15 năm nhưng đến nay cơ bản các gói vẫn bảo đảm độ êm thuận và ATGT, mặt đường không có hư hỏng, không có đoạn nào phải làm lại…
Mặc dù vậy, Bộ trưởng Bộ GTVT Đinh La Thăng nhận định, chất lượng của dự án không tốt, đường rất mấp mô. Do đó, tất cả gói thầu kém chất lượng phải cho kiểm định lại, nếu không đạt yêu cầu, nhà thầu phải sửa chữa. Đặc biệt, kiểm điểm trách nhiệm khi nghiệm thu khối lượng hoàn thành thanh quyết toán. Quy trách nhiệm từng cá nhân, đơn vị để yêu cầu bồi thường. Giải trình rõ những nội dung mà kiểm toán yêu cầu. Toàn bộ công việc này phải hoàn thành trong tháng 4/2014.
Giao Thanh tra Bộ GTVT rà soát lại toàn bộ kết luận của Kiểm toán Nhà nước, thuê kiểm định độc lập của Bộ Xây dựng để kiểm định toàn bộ dự án. Tất cả những trường hợp không đạt sẽ phải yêu cầu nhà thầu khắc phục, nếu không được thì yêu cầu phải bồi thường.