Thời gian qua các làng nghề đã góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế ở TP, nhưng bên cạnh đó hoạt động của các làng nghề lại gây ô nhiễm, làm suy thoái môi trường, đặc biệt là ô nhiễm từ nguồn nước thải. Bởi hầu hết nước thải từ các làng nghề ở Hà Nội đều không qua xử lý, mà xả thải thẳng ra môi trường. Vì vậy để có biện pháp xử lý ô nhiễm môi trường đối với các làng nghề, UBND TP Hà Nội vừa chỉ đạo các đơn vị chức năng tập trung kiểm tra, rà soá và đề xuất biện pháp xử lý môi trường đối với các cụm công nghiệp, các làng nghề gây ô nhiễm nghiêm trọng Theo đó, Sở Công Thương chủ trì, phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường cùng UBND các quận, huyện, thị xã khẩn trương kiểm tra, rà soát và đề xuất biện pháp xử lý môi trường đối với các cụm công nghiệp, các làng nghề gây ô nhiễm môi trường mang tính cấp bách. Chú trọng đến các cụm công nghiệp, các làng nghề chưa đầu tư xây dựng, vận hành hệ thống xử lý nước thải tập trung. Ngoài ra, UBND TP còn yêu cầu Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội chủ động phối hợp với các sở, ngành liên quan đẩy nhanh tiến độ thực hiện đầu tư xây dựng 2 trạm xử lý nước thải tập trung là Cầu Ngà 1, Cầu Ngà 2, huyện Hoài Đức, nhằm giảm thiểu lượng nước thải của các làng nghề xả ra lưu vực sông Đáy- sông Nhuệ.
Hiện tại, TP Hà Nội có 1.350 làng có nghề, 272 làng nghề được UBND TP công nhận làng nghề.