Thanh tra Sở NN&PTNN Hà Nội được kiện toàn trên cơ sở Thanh tra sở và cơ quan thanh tra chuyên ngành độc lập tại các Chi cục thuộc Sở NN&PTNN (bao gồm: Chi cục Bảo vệ thực vật; Chi cục Đê điều và phòng, chống lụt bão; Chi cục Thủy sản; Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản).
Thanh tra Sở NN&PTNN có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng có nhiệm vụ thực hiện quản lý Nhà nước về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng chống tham nhũng trong ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn trên địa bàn Thành phố.
