Qua đó, Thanh tra Chính phủ đã phát hiện sai phạm về quản lý tài chính trong quản lý chi phí và sử dụng nguồn vốn tạm thời nhàn rỗi để đầu tư tại đơn vị này.
Cụ thể, trong giai đoạn 2011 - 2013, BHTG Việt Nam có nhiều khoản chi vượt mức giao với tổng số tiền trên 5 tỷ đồng, mua sắm vượt mức giao gần 2 tỷ đồng. Chi sai trên 1 tỷ đồng trong việc mua điện thoại và trả tiền cước phí di động không đúng đối tượng quy định, chi sai quy định 3,2 tỷ đồng mua cặp công vụ; chi lễ tân giao dịch đối ngoại, khánh tiết, tuyên truyền, quảng cáo vượt trên 10,8 tỷ đồng… Cũng theo Thanh tra Chính phủ, BHTG Việt Nam còn vi phạm trong việc xây dựng đơn giá tiền lương và trích lập quỹ lương không đúng quy định trong việc tính các thông số, chỉ tiêu lao động định biên… dẫn đến làm sai tăng quỹ lương, quỹ khen thưởng và phúc lợi trong 3 năm (2011 - 2013) trên 48 tỷ đồng.
Năm 2010, đơn vị chi lương tăng thêm, chi thưởng cho 2 thành viên HĐQT chuyên trách bị xử lý kỷ luật sai quy định gần 800 triệu đồng. BHTG Việt Nam trích lập Quỹ khen thưởng HĐQT vượt mức 3 tháng lương thực tế là 533 triệu đồng, chi thưởng cho danh hiệu tập thể, cá nhân vượt mức quy định trên 7 tỷ đồng. Chi thưởng ngoài ngành năm 2013 cho các cá nhân, tập thể vào các ngày lễ, tết, số tiền trên 2 tỷ đồng, song không đầy đủ chứng từ, không ký nhận tiền theo quy định. Trong quản lý xây dựng cơ bản, việc đầu tư công trình trụ sở làm việc của BHTG Việt Nam chi nhánh khu vực Nam Trung bộ và Tây Nguyên được Thanh tra Chính phủ cho rằng có sai phạm khá nghiêm trọng. Tiền sai phạm về tư vấn thiết kế làm tăng giá trị công trình thêm trên 2,2 tỷ đồng. Chi tiền tạm ứng nhưng nhà thầu không dùng vào thi công nên bị chiếm dụng vốn trên 14,5 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Chính phủ và Thủ tướng giao cho Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Bộ Tài chính, Bộ LĐTB&XH cùng BHTG Việt Nam kiểm điểm trách nhiệm các cá nhân và tập thể liên quan trực tiếp đến các vi phạm gắn với từng thời điểm đã nêu cụ thể trong kết luận. Về số tiền trên 48 tỷ đồng, đơn vị này đã trích và chi quỹ lương, quỹ khen thưởng và phúc lợi trong 3 năm (2011 - 2013) cho người lao động sai quy định, Thanh tra Chính phủ kiến nghị không xử lý thu hồi, không trừ vào quỹ lương, quỹ khen thưởng các năm liền kề nhưng phải kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan theo đúng quy định và không được tái phạm.