Tuy nhiên, theo bà Phạm Thị Hồng Nga, Phó Giám đốc Sở GD&ĐT Hà Nội, một số đơn vị vẫn thực hiện không đúng tinh thần chỉ đạo. Các đoàn kiểm tra đã yêu cầu phòng GD&ĐT chỉ đạo một số trường trả lại những khoản thu sai cho học sinh như tiền điện, hỗ trợ mua sắm sửa chữa nhỏ (200.000 đồng/học sinh/năm) tại trường mầm non huyện Quốc Oai, tiền duy tu thiết bị dạy học (80.000 đồng/học sinh/năm) tại THCS Đan Phượng, mua bảng tương tác, máy chiếu (150.000 đồng/học sinh) ở mầm non Yếu Kiêu… Mặc dù năm nay Sở đã chỉ đạo không thu bốn khoản tiền vệ sinh, lao công, bảo vệ, an ninh, nhưng một số trường vẫn thu, cũng được yêu cầu trả lại cho học sinh.
Đối với những khoản đóng góp của quĩ phụ huynh học sinh, mức giao động từ 50 - 500.000 đồng. Một số trường như THCS Lê Lợi (Hà Đông), THPT chuyên Nguyễn Huệ, THPT Tân Dân… trong dự toán chi của quĩ này vẫn có những nội dung chi khen thưởng, lễ, Tết cho giáo viên. Bà Nga cho biết, đoàn kiểm tra đã yêu cầu phòng chấn chỉnh các trường trên bởi việc chi này không đúng qui định hoạt động của quĩ phụ huynh.
Từ thực tế này, dù chưa phản ánh hết toàn bộ tình hình thu chi của gần 2.500 trường trên địa bàn, nhưng vấn đề thu sai đúng là đang gây nên nhiều bức xúc. Lãnh đạo các Vụ của Bộ cũng chỉ ra rằng, mặc dù Hà Nội đã làm rất tốt việc chỉ đạo, có văn bản hướng dẫn chi tiết, nhưng các trường lại không quán triệt hoặc cố tình tạo ra những khoản thu để thỏa thuận. Bởi thế, cần phải có hình thức xử lý kỷ luật với hiệu trưởng các trường thu sai, dù là khoản thu thuộc hình thức nào.
Để giải quyết vấn đề này, Phó Chủ tịch UBND TP Nguyễn Thị Bích Ngọc đề nghị, ngành giáo dục cần tiếp tục đi kiểm tra thực tế tại các trường, chỉ rõ các trường nào thu những khoản thỏa thuận, tự nguyện nào, khoản nào chưa đúng… Nếu thu sai phải kiên quyết trả lại cho học sinh. Đồng thời, thống kê các quận, huyện nào có trường vi phạm, thông báo cho lãnh đạo quận huyện ấy, đề xuất mức kỷ luật với hiệu trưởng trường vi phạm. Cùng với đó, thành phố có văn bản giao các quận, huyện tự kiểm tra các trường theo phân cấp, cuối tháng 10/2011 phải báo cáo kết quả kiểm tra gửi UBND TP. Phó Chủ tịch nhấn mạnh: Chủ tịch quận, huyện hoàn toàn chịu trách nhiệm về kết quả kiểm tra cũng như việc thu sai qui định của các trường trên địa bàn phân cấp.
Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Nguyễn Thị Nghĩa cũng cho rằng, Hà Nội cần phân tích cụ thể thực trạng, nguyên nhân thu sai ở các trường. Các khoản thu ấy hiệu trưởng phải chịu hoàn toàn trách nhiệm. Bộ cũng sẽ có văn bản chấn chỉnh các khoản thu hộ, thu tự nguyện.