Trường hợp bạn hỏi được quy định rất rõ trong Điều 5 và 13 Nghị định số 180/2007/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Xây dựng về xử lý vi phạm trật tự xây dựng đô thị.
Công trình xây dựng vi phạm trật tự xây dựng đô thị phải bị xử lý theo quy định của Nghị định này bao gồm: Công trình xây dựng theo quy định của pháp luật phải có Giấy phép xây dựng mà không có Giấy phép xây dựng; Công trình xây dựng sai nội dung Giấy phép xây dựng được cơ quan có thẩm quyền cấp. Công trình xây dựng sai thiết kế được cấp có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt; sai quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt (đối với công trình xây dựng được miễn Giấy phép xây dựng). Công trình xây dựng có tác động đến chất lượng công trình lân cận; ảnh hưởng đến môi trường, cộng đồng dân cư.
Đối với trường hợp công trình xây dựng sai nội dung Giấy phép xây dựng được cơ quan có thẩm quyền cấp thì bị xử lý như sau: Lập biên bản ngừng thi công xây dựng, yêu cầu tự phá dỡ phần công trình sai nội dung Giấy phép xây dựng. Trường hợp chủ đầu tư không ngừng thi công xây dựng, công trình phải bị đình chỉ thi công xây dựng, buộc chủ đầu tư tự phá dỡ phần công trình sai nội dung Giấy phép xây dựng; đồng thời, áp dụng biện pháp quy định tại điểm b, khoản 1, Điều 12 Nghị định này (Trường hợp chủ đầu tư không ngừng thi công xây dựng phải bị đình chỉ thi công xây dựng, buộc phá dỡ công trình xây dựng vi phạm trật tự xây dựng đô thị; đồng thời, áp dụng các biện pháp ngừng cung cấp các dịch vụ điện, nước và các dịch vụ khác liên quan đến xây dựng công trình; cấm các phương tiện vận tải chuyên chở vật tư, vật liệu, công nhân vào thi công xây dựng).
Trường hợp chủ đầu tư không tự phá dỡ phần công trình sai nội dung Giấy phép xây dựng được cấp phải bị cưỡng chế phá dỡ. Chủ đầu tư phải chịu trách nhiệm về toàn bộ chi phí tổ chức cưỡng chế phá dỡ. Tùy mức độ vi phạm, chủ đầu tư còn phải bồi thường thiệt hại do hành vi vi phạm gây ra.