Đáng chú ý, nhiều vụ gian lận chiếm đoạt tiền hoàn thuế Giá trị gia tăng (VAT) diễn biến phức tạp và có chiều hướng gia tăng. Cụ thể, ngày 23/9/2013, cơ quan hải quan ra quyết định khởi tố Công ty CP Rượu Hà Nội (Halico) về hành vi xuất khống tiền hoàn thuế có tổ chức. Ngày 3/10/2013, Công ty CP thực phẩm công nghệ Sài Gòn bị khởi tố cùng với hành vi xuất khống hàng hóa, chiếm đoạt hơn 2,3 tỷ đồng tiền thuế VAT. Ngày 16/10/2013, Công ty CP xuất nhập khẩu y tế Việt Nam bị khởi tố về hành vi man khai hải quan, trị giá hàng hóa vi phạm hơn 1 tỷ đồng...