Theo đánh giá của Tổ chức Nông - Lương Liên Hợp quốc (FAO), hiện nay việc phát triển nông thôn Việt Nam đang gặp rất nhiều thách thức. Đó là lực lượng lao động trong nông nghiệp chiếm tỷ lệ lớn, trên 50%, trong đó đa số khó thích nghi với công nghiệp hóa dẫn đến tỷ lệ thất nghiệp cao. Cùng với đó, quy mô sản xuất nông nghiệp của nước ta còn nhỏ và chăn nuôi phát triển chậm. Ngoài ra, các nguồn lực, đặc biệt là cơ sở hạ tầng, dịch vụ nông thôn… còn nhiều hạn chế. Bà Yuriko Shoji, Trưởng đại diện FAO tại Việt Nam nhận định, mức tăng trưởng kinh tế giữa các vùng miền của Việt Nam không đều. Hiện có tới 73% dân số sống ở nông thôn và đang bị tụt hậu trong sự phát triển chung của đất nước.
Một vấn đề được nhiều đại biểu quốc tế nhắc đến là Việt Nam không có chiến lược phát triển nông thôn khác biệt cho các khu vực khác nhau như dân tộc thiểu số nghèo, không nghèo, người giàu… Ông Steve Jaffee, Điều phố viên Ban Phát triển nông thôn (Ngân hàng Thế giới tại Việt Nam) cho rằng, ngay cả trong Chương trình mục tiêu quốc gia về nông thôn mới, Việt Nam cũng chỉ xác định một khung chung 19 tiêu chí và triển khai ở khắp tất cả các vùng miền. "Mỗi một vùng có đặc điểm riêng về điều kiện tự nhiên, mức sống, lợi thế… khác nhau. Có những nơi đường giao thông nông thôn đã được trải nhựa, bê tông nhưng ở những vùng núi như Tây Bắc điều kiện hạ tầng lại rất yếu kém. Do đó chúng ta không chỉ áp dụng một chương trình phát triển cho tất cả các vùng. Một cỡ giày không thể vừa cho tất cả chân" - ông Steve Jaffee chia sẻ.
Chính vì vậy, Việt Nam nên có chương trình, chiến lược phát triển và sự đầu tư riêng cho từng vùng, địa phương. Trong đó, lấy tiêu chí mức độ tiến bộ, cải thiện đời sống dân cư của địa phương đó làm thước đo đánh giá sự phát triển. Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Nguyễn Đăng Khoa cho biết, Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới ra đời với mục tiêu tạo ra những thay đổi mang tính đột phá cho khu vực nông thôn. Đây là chương trình khung phát triển nông thôn toàn diện trên cơ sở phát huy vai trò chủ thể của cộng đồng người dân. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, bên cạnh những thành công ban đầu vẫn còn nhiều vấn đề về chính sách và triển khai cần phải được xem xét và điều chỉnh cho phù hợp. Do đó, để đạt được mục tiêu đề ra, trong thời gian tới, ngoài sự phối hợp chặt chẽ của các cấp, ngành, địa phương, Việt Nam mong muốn nhận được sự chia sẻ và giúp đỡ của các tổ chức quốc tế.