Theo Quyết định 3203-QĐ/ĐUK ngày 29/11/2013, Chi bộ HHDNNVV TP Hà Nội trực thuộc Đảng ủy Khối DN Hà Nội với tổng số 4 đảng viên, được sử dụng con dấu theo quy định. Đồng chí Mạc Quốc Anh - Phó Chủ tịch Hiệp hội được chỉ định làm Bí thư Chi bộ. Hiệp hội đã tiến hành kết nạp thêm 20 DN là hội viên chính thức, nâng tổng số hội viên hiện nay lên 1.200.