Theo đó, Sở GTVT kiến nghị UBND TP thu hồi toàn bộ diện tích sử dụng trông giữ xe tại gầm cầu Thanh Trì và đoạn tuyến Nam Vành đai 3; giải tỏa không cho trông giữ xe tại gầm cầu Thăng Long và Long Biên.
Theo Sở GTVT, một số hạng mục của cầu Thanh Trì và đoạn tuyến Nam Vành đai 3, sau khi nhận bàn giao từ Bộ GTVT, UBND TP đã giao trực tiếp cho Công ty Khai thác điểm đỗ xe Hà Nội, thuộc Tổng Công ty Vận tải Hà Nội, tiếp nhận để quản lý phần diện tích gầm cầu sử dụng làm bãi đỗ xe. Khu vực gầm cầu gồm 193 khoang với tổng diện tích 193.838m2.
Kiểm tra thực tế, phần gầm cầu có thể sử dụng được để trông giữ xe 72 khoang với tổng diện tích 61.300m2, phần diện tích không sử dụng được để trông giữ xe là 121 khoang bao gồm khu vực phía bờ Bắc, ngoài bãi sông Hồng hiện đang quây rào tạm để chống lấn chiếm, chống đổ phế thải. Từ tháng 5/2011, Công ty Khai thác điểm đỗ xe có công văn đề nghị cho tổ chức điểm đỗ xe công cộng gầm cầu Thanh Trì và đoạn tuyến Nam Vành đai 3. Sau khi xem xét đủ các điều kiện, Sở GTVT đã cấp phép tạm thời cho công ty sử dụng vào mục đích trông giữ xe.Tương tự, tại khu vực gầm cầu Vĩnh Tuy, UBND TP Hà Nội đã giao trực tiếp cho Công ty Khai thác điểm đỗ xe Hà Nội tiếp nhận quản lý phần diện tích gầm cầu sử dụng làm bãi đỗ xe. Việc hình thành các điểm đỗ xe ôtô dưới gầm cầu này đã có từ trước khi Thông tư số 39/2001/TT-BGTVT ngày 18/5/2011 của Bộ GTVT có hiệu lực. Theo đó, Sở GTVT cấp phép tạm sử dụng sau khi đảm bảo điều kiệnphòng cháy chữa cháy và ATGT.
Tại khu vực gầm cầu Thăng Long, hiện, một số vị trí đang trông giữ phương tiện của Công ty Quản lý Đường sắt Hà Thái; một số vị trí khác do người dân tự ý lấn chiếm dựng kho lán, bày bán kinh doanh gây mất an toàn cho công trình cầu, trật tự ATGT, vệ sinh môi trường, đặc biệt là đoạn từ An Dương đến đường Phạm Văn Đồng.
Tại khu vực gầm cầu Long Biên, ở khu vực gầm cầu phía Nam cũng đang tồn tại các nhà lán, kho chứa hàng quán buôn bán, kinh doanh gây mất an toàn cho công trình cầu và trật tự ATGT, mỹ quan đô thị.
Sau khi kiểm tra, rà soát thực tế, đồng thời thống nhất với kết quả kiểm tra của Công an TP, Sở GTVT kiến nghị UBND TP Hà Nội cho thu hồi toàn bộ diện tích gầm cầu Thanh Trì và đoạn tuyến Nam Vành đai 3 giao cho Sở GTVT quản lý đồng bộ kết cấu hạ tầng giao thông của cầu (phần mặt cầu và dưới gầm cầu) để đảm bảo tính thống nhất trong công tác quản lý theo Luật Giao thông. Đồng thời cho phép quây rào khoang gầm cầu, lát gạch để chống tái lấn chiếm. Đối với gầm cầu Thăng Long, Long Biên hiện chưa bàn giao cho Hà Nội, đề nghị UBND TP có văn bản kiến nghị Bộ GTVT không cho phép sử dụng gầm cầu để làm bãi đỗ xe, kho chứa, nhà lán kinh doanh dịch vụ gây mất an toàn cho công trình.