Theo Sở GTVT, tại khu vực phía Nam, nhu cầu vận tải hành khách liên tỉnh từ Hà Nội đi và đến rất lớn, do đó đề nghị TP bố trí 1ha đất thuộc ô quy hoạch B11/P1, phường Yên Sở (Hoàng Mai) và 1ha đất thuộc khu đất Bến xe tải Khuyến Lương làm bến xe khách trung hạn, đồng thời cho phép mở rộng Bến xe Nước Ngầm. Bên cạnh đó, Sở đang làm việc với các cơ quan chức năng để đề xuất thêm vị trí phù hợp làm bến xe tại khu vực các huyện. Ngoài ra, UBND TP đã giao cho Tổng Công ty Vận tải Hà Nội làm chủ đầu tư nghiên cứu lập dự án bến xe liên tỉnh tại xã Cổ Bi (huyện Gia Lâm) gần nút giao đường Vành đai 3 và QL5.