Ngoài tổ chức bộ máy, trung tâm còn các phòng chuyên môn và 6 đơn vị trực thuộc, gồm: Đội cơ động bảo vệ rừng, phòng cháy chữa cháy rừng, Trạm sản xuất Minh Phú, Trạm sản xuất Nam Sơn, Trạm sản xuất Hồng Kỳ, Trạm sản xuất Sân Bay, Trạm sản xuất Đền Gióng.
