Mặt khác, số thu ngân sách ngành Thuế hàng năm cũng thể hiện rằng, qua hoạt động này, ngân sách tăng thêm con số không hề nhỏ.Thanh tra, kiểm tra là công tác bắt buộc. Nếu không thanh tra, kiểm tra thì tức là buông công cụ quản lý Nhà nước. Thực tế, cơ quan thuế chỉ tiến hành thanh, kiểm tra đối với DN có rủi ro cao về thuế.
Tuy nhiên, ở chiều ngược lại, nhiều ý kiến cho rằng, thanh tra, kiểm tra nhiều đang gây phiền hà cho DN bởi công tác này gây mất thời gian, thậm chí đâu đó vẫn có hiện tượng DN phải mất phí “bôi trơn” để được êm xuôi. Cũng cần phải chia sẻ với DN bởi một năm, mỗi đơn vị không chỉ tiếp một đoàn thanh tra về thuế, mà còn tiếp thêm các đoàn thanh tra ngành, lĩnh vực mình hoạt động.Vậy làm sao để hài hòa giữa mục tiêu vừa tạo điều kiện thuận lợi cho DN sản xuất, kinh doanh, vừa đảm bảo DN chấp hành tốt các quy định của pháp luật bằng công tác thanh, kiểm tra?Ngày 17/5/2017, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã ký Chỉ thị 20/CT-TTg yêu cầu chấn chỉnh hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với DN. Theo đó, Thủ tướng yêu cầu tập trung chỉ đạo khi xây dựng, phê duyệt kế hoạch thanh tra hàng năm không để xảy ra tình trạng thanh tra, kiểm tra quá 1 lần/năm đối với DN. Ngoài ra, câu chuyện thanh, kiểm tra đúng đối tượng, tránh gây sách nhiễu phiền hà cho DN cũng là câu chuyện được bàn đến nhiều. Để tiết kiệm thời gian và công sức cho DN, vài năm gần đây, ngoài việc thanh, kiểm tra tại trụ sở DN, ngành thuế cũng đã thực hiện thanh, kiểm tra điện tử. Việc hạn chế tiếp xúc trực tiếp giữa DN và cán bộ thuế được coi là một cách hạn chế tối đa các tiêu cực phát sinh.Tuy nhiên, đây không phải là lời giải cho mọi vấn đề. Hơn hết, để có cái nhìn thiện cảm hơn của DN trong hoạt động này, trước hết cơ quan thuế cần nâng cao trình độ của cán bộ thuế làm công tác thanh tra, kiểm tra, tăng cường cán bộ giỏi, có đạo đức, trách nhiệm. Song song đó cần thay đổi chiến lược thanh tra, kiểm tra, chọn đối tượng thanh tra có trọng tâm, trọng điểm. Trong cách làm cần chấn chỉnh, yêu cầu các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra, kiểm tra phải làm đúng luật, nếu kết luận sai phải chịu trách nhiệm và bồi thường. Thanh tra, kiểm tra cần phải đi vào thực chất thay vì hô hào chung chung.
