Về nguồn kinh phí, sử dụng 61,368 tỷ đồng từ nguồn dự phòng ngân sách Trung ương năm 2013 và ứng trước 24,923 tỷ đồng từ dự toán chi mua tăng hàng dự trữ quốc gia năm 2014. Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính bố trí trong dự toán ngân sách Nhà nước năm 2014 để thu hồi số vốn ứng trước nêu trên theo quy định. Thủ tướng Chính phủ giao Bộ trưởng Bộ Tài chính thừa ủy quyền Thủ tướng Chính phủ, thay mặt Chính phủ báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội quyết định ngân sách mua bù thuốc sát trùng dự trữ quốc gia đã xuất cấp năm 2012 và đầu năm 2013.