Theo đó, các công ty kinh doanh xăng dầu đầu mối hoặc các đơn vị thành viên thuộc tổ chức khác trực tiếp nhập khẩu xăng dầu để bán sẽ thực hiện kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường tại cơ quan thuế địa phương nơi kê khai, nộp thuế GTGT. Đối với lượng xăng, dầu nhập về làm nguyên liệu sau khi được sản xuất, chế biến mà được xuất khẩu thuộc trường hợp không phải nộp thuế bảo vệ môi trường.