Tính đến hết ngày 31/12/2012, số thu đạt 16.573,89 tỷ đồng, đạt 89,4% chỉ tiêu được giao, giảm 9,8% so với cùng kỳ. Nguyên nhân là do kim ngạch một số mặt hàng có giá trị lớn, thuế suất cao giảm mạnh so với cùng kỳ năm 2011. Một số mặt hàng đóng góp số thu lớn cho ngân sách như ô tô, xe máy, điện tử… tiêu thụ rất chậm do sức mua giảm.
Năm 2013, Cục Hải quan Hà Nội tiếp tục đặt mục tiêu hiện đại hóa hải quan, đặc biệt là triển khai thủ tục hải quan điện tử; chống thất thu, gian lận và nợ đọng thuế, đẩy mạnh các mặt công tác kiểm tra sau thông quan, chống buôn lậu và gian lận thương mại.