Theo đó, trong 3 kỳ điều hành giá xăng dầu kể từ 1/7 - 18/8, liên Bộ chưa cập nhật cách tính thuế mới theo Nghị định 100/2016 của Chính phủ.
Cụ thể, từ 1/7/2016, Nghị định 100/2016 có hiệu lực, giá tính thuế xăng bao gồm tổng của giá CIF, thuế nhập khẩu cùng với các khoản chi phí kinh doanh định mức, mức trích Quỹ bình ổn và lợi nhuận định mức cho DN. Trong khi theo công thức cũ quy định tại Nghị định 84/2009 về kinh doanh xăng dầu, thuế tiêu thụ đặc biệt được tính trên cơ sở tổng giá CIF cộng thuế nhập khẩu. Đại diện Petrolimex cho hay, với việc vẫn tiếp tục tính theo cách tính cũ khiến giá cơ sở xăng thấp hơn so với công thức mới. Chẳng hạn, với phương án giá CIF xăng A92 ở mức 49,16 USD/thùng thì mức chênh lệch giữa cách tính thuế cũ và mới khoảng 185 đồng/lít. Trong đó, khoản thuế tiêu thụ đặc biệt bị tính thiếu là 165 đồng/lít và thuế giá trị gia tăng bị tính thiếu 17 đồng/lít. Thay vì thuế tiêu thụ đặc biệt phải tính là 989 đồng/lít thì liên Bộ chỉ tính có 824 đồng/lít.
Với cách tính chưa cập nhật này, tại thời điểm tháng 7 và nửa đầu tháng 8, người tiêu dùng được lợi nhờ giá bán lẻ được giảm sâu hơn so với quy định mới về thuế tiêu thụ đặc biệt. Ở chiều ngược lại, các DN xăng dầu có nguy cơ chịu thiệt bởi cơ quan thuế sẽ thu theo chính sách mới từ 1/7. Do vậy, Petrolimex kiến nghị liên Bộ Công Thương - Tài chính tính toán, công bố giá cơ sở mặt hàng xăng tại chu kỳ điều chỉnh giá từ ngày 19/8 theo công thức tại Nghị định 100/2016 để DN làm nghĩa vụ thuế với ngân sách.
Trên thực tế, sau kiến nghị của Petrolimex, trong chu kỳ điều hành từ 19/8, liên Bộ Công Thương - Tài chính đã ngay lập tức đổi lại cách tính thuế theo Nghị định 100/2016. Tuy nhiên, mặc dù liên Bộ đã thay đổi cách tính thuế tiêu thụ đặc biệt mặt hàng xăng dầu, nhưng nhiều chuyên gia kinh tế cho rằng, với cách tính thuế tiêu thụ đặc biệt mặt hàng xăng dầu dẫn đến tình trạng thuế chồng thuế khiến mặt hàng xăng dầu sẽ tăng thêm gần 200 đồng/lít so với cách tính cũ. Như vậy, giả sử mỗi năm cả nước tiêu thụ khoảng 12 triệu tấn xăng (1 tấn xăng tương đương 1.270 lít) thì người tiêu dùng phải chi thêm gần 3.100 tỷ đồng.
