Theo hợp đồng đã ký năm 2008 đối với việc thu phí tại tuyến đường với mức phí 2 năm đầu thu bằng mức quy định tại Thông tư số 90/2004/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí đường bộ; từ năm thứ 3 mức phí bằng 1,5 lần so với quy định. Trạm thu phí được nhà đầu tư thu phí hoàn vốn từ ngày 1/1/2011, mức thu hiện nay với xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng nộp phí 10.000 đồng/xe/lượt. Xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi; xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn 15.000 đồng/xe/lượt; Xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chở hàng bằng container 20 feet 40.000 đồng/xe/lượt… Như vậy, đến hết ngày 31/12, trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài sẽ được phép thực hiện mức thu phí mới tăng lên 1,5 lần so với hiện nay.