Bên cạnh những kết quả tích cực đã đạt được, công tác PCTN năm 2013 vẫn còn có những hạn chế. Việc xem xét, xử lý các hành vi tham nhũng trong một số trường hợp chưa nghiêm, nặng về xử lý hành chính, án treo... 41 trường hợp người đứng đầu bị xử lý Báo cáo Công tác phòng, chống tham nhũng năm 2013 do Tổng Thanh tra Chính phủ Huỳnh Phong Tranh trình bày trước Quốc hội ngày 22/10 cho thấy, các bộ, ngành, địa phương đã tiến hành 5.466 cuộc kiểm tra việc thực hiện các chế độ, định mức, tiêu chuẩn, qua đó phát hiện 210 vụ việc vi phạm, xử lý kỷ luật 134 người. Tổng giá trị các vi phạm về chế độ, định mức, tiêu chuẩn được kiến nghị thu hồi và bồi thường hơn 78,5 tỷ đồng, đã thu hồi 37,3 tỷ đồng. Bộ Công an (C48) đã thụ lý, điều tra 24 vụ án, 135 bị can, trong đó khởi tố mới 5 vụ, 25 bị can; kết luận điều tra 8 vụ, 51 bị can; đình chỉ điều tra 1 vụ; chuyển công an địa phương điều tra theo thẩm quyền 2 vụ, 3 bị can; hiện đang điều tra 12 vụ, 80 bị can; thiệt hại khoảng hơn 735 tỷ đồng; đã thu hồi trên 329 tỷ đồng. Viện kiểm sát nhân dân tối cao (Vụ 1B) đã thụ lý kiểm sát điều tra 31 vụ, 149 bị can; đã giải quyết 7 vụ, 28 bị can; đang giải quyết 24 vụ, 121 bị can. Qua đó đã kịp thời kiến nghị với các cơ quan, các ngành hữu quan khắc phục những sai phạm, những sơ hở trong công tác quản lý để xử lý và phòng ngừa vi phạm. Tòa án các cấp đã xét xử sơ thẩm 278 vụ, 584 bị cáo về các tội danh tham nhũng, trong đó tỷ lệ tội phạm nghiêm trọng, rất nghiêm trọng và đặc biệt nghiêm trọng chiếm 41,2 % (năm 2012 tỷ lệ này là 44,1%); số bị cáo được hưởng án treo, cải tạo không giam giữ chiếm 31,2 % (năm 2012 tỷ lệ này là 34,2%). Trong năm 2013, đã có 41 trường hợp người đứng đầu bị xử lý do thiếu trách nhiệm để xảy ra tham nhũng, trong đó, có 4 người đã bị xử lý hình sự, 33 người đã bị xử lý kỷ luật hành chính, 4 trường hợp khác đang được các cơ quan có thẩm quyền xem xét, xử lý (giảm 14% so với cùng kỳ năm trước). Các đơn vị có báo cáo người đứng đầu bị xử lý do thiếu trách nhiệm để xảy ra tham nhũng là An Giang, Bắc Ninh, Bắc Giang, Quảng Ngãi, Long An, Sơn La, Nam Định, TP Hà Nội, Tuyên Quang, Đồng Nai, Nghệ An, Ninh Thuận, Đắk Nông, Bộ Quốc phòng. Vẫn còn tình trạng bao che Trình bày báo cáo thẩm tra đánh giá bổ sung, Chủ nhiệm Ủy ban Tư pháp của Quốc hội Nguyễn Văn Hiện nhấn mạnh, đơn vị chuyên trách chống tham nhũng trong các cơ quan Thanh tra Chính phủ, Bộ Công an, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã từng bước nâng cao chất lượng, hiệu quả công tác phòng ngừa, phát hiện, điều tra và xử lý các vụ việc, vụ án tham nhũng; kết quả điều tra, truy tố một số vụ án tham nhũng lớn, được dư luận quan tâm. Tuy nhiên, để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ công tác PCTN, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của các đơn vị chuyên trách đòi hỏi phải tiếp tục kiện toàn bộ máy, tổ chức hoạt động và có các quy định đặc thù đối với hoạt động nghiệp vụ về phòng ngừa, phát hiện, xử lý tham nhũng. Tham nhũng, lãng phí trong quản lý và sử dụng đất đai, tín dụng, ngân hàng, quản lý vốn và tài sản tại một số doanh nghiệp Nhà nước đã gây thiệt hại lớn về kinh tế, gây bất bình trong xã hội. Báo cáo của Ủy ban Tư pháp của Quốc hội khẳng định, việc phát hiện và xử lý hành vi tham nhũng trong năm 2013 vẫn còn có những hạn chế như: Hoạt động thanh tra, kiểm toán phát hiện nhiều vi phạm pháp luật trong các lĩnh vực quản lý kinh tế, xã hội nhưng số vụ việc có dấu hiệu tham nhũng được phát hiện chuyển sang cơ quan điều tra còn ít; quá trình giải quyết một số vụ án tham nhũng của các cơ quan tiến hành tố tụng còn chậm, nhất là các vụ án tham nhũng có nội dung phức tạp; việc xem xét, xử lý các hành vi tham nhũng trong một số trường hợp chưa nghiêm, nặng về xử lý hành chính, cho hưởng án treo.Việc tự kiểm tra, phát hiện tham nhũng của một số cơ quan, tổ chức, đơn vị còn yếu; việc phát hiện tham nhũng chủ yếu qua dư luận xã hội, báo chí phản ánh hoặc khi có cơ quan chức năng vào làm việc kiểm tra, thanh tra, kiểm toán mới phát hiện sai phạm... Một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên có nguyên nhân từ tình trạng suy thoái đạo đức của một bộ phận không nhỏ cán bộ, công chức, viên chức, đảng viên, trong đó có cả các cán bộ, đảng viên công tác trong các cơ quan bảo vệ pháp luật. Bên cạnh đó là bệnh thành tích và né tránh trách nhiệm nên vẫn còn tình trạng bao che cho hành vi tham nhũng của cán bộ do mình quản lý. Để ngăn ngừa, từng bước đẩy lùi tệ nạn tham nhũng, cơ quan Ủy ban Tư pháp Quốc hội đề ra 7 phương hướng, nhiệm vụ công tác phòng chống tham nhũng những tháng cuối năm 2013 và năm 2014.