Theo đó, mặc dù đã ban hành hướng dẫn tạm thời về các khoản thu ngoài học phí. Tuy nhiên, đầu năm học 2012-2013, đoàn thanh tra Bộ GD-ĐT, đoàn giám sát của HĐND TP Hà Nội và 5 đoàn kiểm tra thu chi của Sở GD-ĐT Hà Nội đã tiến hành khảo sát, thanh kiểm tra tình hình thu chi của một số trường học trên địa bàn Hà Nội. Qua kiểm tra cho thấy vẫn còn nhiều tồn tại trong công tác thu chi đầu năm ở các trường. Một số trường vẫn thu các khoản khác ngoài văn bản quy định của Sở GD-ĐT; thu tiền tự nguyện sai quy trình; quỹ ban đại diện cha mẹ học sinh thu sai quy định; một số khoản thu cao hơn mức trần quy định; các khoản thu thỏa thuận chưa đúng quy trình… Để chấm dứt những vi phạm trên, Sở GD-ĐT Hà Nội tiếp tục đề nghị UBND các quận, huyện, thị xã, các Phòng GD-ĐT chỉ đạo Ban giám hiệu các trường phổ biến quy định của Thông tư 55/TT-BGD-ĐT ngày 22/11/2011 của Bộ GD-ĐT về ban hành điều lệ Ban đại diện cha mẹ học sinh đến Ban đại diện cha mẹ học sinh của trường. Chấn chỉnh và hướng dẫn việc thu, chi đúng quy định. Quy định rõ trách nhiệm của thủ trưởng các cơ sở giáo dục trong việc để Ban đại diện cha mẹ học sinh tổ chức các hoạt động chưa đúng với quy định trong nhà trường. Bên cạnh đó, ban giám hiệu nhà trường, Ban đại diện cha mẹ học sinh rà soát lại các khoản thu sai, vượt quy định, khoản thu quỹ ban đại diện cha mẹ học sinh khi chưa có kế hoạch hoạt động và dự toán kinh phí để trả lại những khoản thu chưa đúng quy định. Xác định rõ nguyên nhân, trách nhiệm và có giải pháp khắc phục kịp thời. Đối với những đơn vị sai phạm thì sẽ có hình thức kỉ luật đối với lãnh đạo nhà trường. Sở GD-ĐT Hà Nội đề nghị UBND, Phòng GD-ĐT các quận, huyện, thị xã xử lý kiến nghị của Đoàn thanh tra Bộ GD-ĐT, Đoàn giám sát HĐND thành phố, Đoàn kiểm tra của Sở và báo cáo về Sở GD-ĐT trước ngày 22/11 để tổng hợp báo cáo Bộ GD-ĐT, UBND Thành phố. Sở GD-ĐT Hà Nội cũng yêu cầu đẩy mạnh hơn nữa công tác thanh tra, kiểm tra, nhất là việc thanh tra, kiểm tra đột xuất việc thực hiện thu cho học phí và các khoản thu khác. Kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm, xử lý các vi phạm theo thẩm quyền. Trước đó, UBND TP Hà Nội đã có công văn yêu cầu Sở GD-ĐT báo cáo kết quả xử lý các trường và cá nhân vi phạm về công tác thu chi đầu năm học trước ngày 31/10.