Theo Hiệp hội Chế biến và xuất khẩu thủy sản (VASEP), trong khi các doanh nghiệp phải gấp rút thực hiện các hợp đồng đã ký thì rất nhiều lô hàng nhập khẩu nguyên liệu, phụ phẩm để phục vụ chế biến đang bị ách tắc tại cảng do những quy định mới của Luật An toàn thực phẩm. Nhu cầu tiêu dùng thủy sản tăng mạnh trên thế giới đã giúp giá cá tra và tôm trong nước tăng mạnh mẽ. Với mặt hàng tôm, hiện giá tôm sú thương phẩm (20 con/kg) đã lên tới 250-275 nghìn đồng/kg; loại 30 con/kg có giá 190-220 nghìn đồng/kg; loại 40 con/kg có giá 170-180 nghìn đồng/kg. Tôm thẻ chân trắng: loại 80-100 con/kg giá 85-100 nghìn đồng/kg; loại 48 con/kg giá 148 nghìn đồng/kg. Đa số người nuôi tôm có lãi từ 20-80 triệu đồng/ha (trừ những hộ bị thiệt hại nặng do dịch bệnh. Theo thống kê của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, diện tích tôm thả nuôi đến hết tháng 9/2011 là 643.265 ha, bằng 97,8% so với cùng kỳ năm 2010. Trong đó, diện tích tôm sú 615.302 ha; tôm thẻ chân trắng 27.963 ha. Đến nay đã thu hoạch 239.918 ha diện tích nuôi tôm: 227.124 ha tôm sú và 12.794 ha tôm thẻ chân trắng. Tổng sản lượng tôm đã thu hoạch đạt 252.506 tấn, bao gồm 178.446 tấn tôm sú và 74.060 tấn tôm thẻ chân trắng. So với cùng kỳ năm trước, sản lượng tôm thấp hơn nhiều, bởi diện tích tôm bị thiệt hại do dịch bệnh tăng lên gấp 3 lần năm trước, lên tới 81.534 ha (bằng 295% cùng kỳ). Giá cá tra ngyên liệu tại các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long tiếp tục tăng mạnh trong tuần qua nhờ nhu cầu thu mua nguyên liệu phục vụ chế biến xuất khẩu, đến thời điểm này giá cá đã cách xa điểm đáy được thiết lập trong tháng 7 từ 4.000 - 6.000 đồng/kg, tương ứng tăng khoảng 20 - 25%. Mặt bằng cá tra nguyên liệu tại các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long đã tăng lên 26.500 đồng/kg đối với cá loại 800 gram/con, tăng 4.000 đồng/kg so với tháng 7/2011. Sau kỳ nghỉ hè, nhu cầu nhập khẩu cá tra tại thị trường EU và Mỹ tăng rất mạnh. Trong quý 3 vừa qua, lượng nhập khẩu tại thị trường EU tăng gấp đôi so với quý 2. Nhiều doanh nghiệp săn lùng hàng khắp nơi mà vẫn không đủ số lượng đáp ứng nhu cầu chế biến hàng xuất khẩu. Với giá cá nguyên liệu cao hiện nay, thì giá thành sản phẩm sau khi chế biến lên tới 3,1 USD/kg. Nhiều doanh nghiệp do không chuẩn bị trước chân hàng nên đã bị vỡ hợp đồng.
Theo VASEP, ngay đầu tháng 9/2011, nhiều nhà nhập khẩu châu Âu đã qua Việt Nam đặt hàng cá tra phi lê. Hầu hết, các nhà nhập khẩu đều yêu cầu chế biến cá tra phi lê cỡ nhỏ, tương đương cá tra nguyên liệu loại 850g/con. Hiện các nhà nhập khẩu tại hai thị trường lớn EU và Mỹ đang đổ xô tìm nguồn cung cấp cá tra để chuẩn bị cho dịp Giáng sinh và năm mới sắp tới, và họ sẵn sàng chào mua với giá cao hơn 20% so với mùa hè. Giá đầu ra tăng, người nuôi chắc chắn sẽ có lãi, mặc dù cá tra lớn nhanh tuy nhiên phải mất đến 6 tháng để cá đạt khối lượng chuẩn 1,5 kg. Bởi vậy, không còn thời gian cho việc nuôi tái đàn để đáp ứng nhu cầu. Dự báo trong quý 4/2011, sản lượng cá thiếu 50% so với những tháng trước. Với tình hình cá nguyên liệu căng thẳng như hiện nay, sẽ không có đủ nguồn cá cho các đơn hàng trong dịp Noel và năm mới và hàng xuất khẩu cho các đơn hàng mới. Theo yêu cầu của khách hàng, doanh nghiệp thủy sản Việt Nam buộc phải nhập khẩu một số nguyên liệu, phụ liệu không sản xuất ở trong nước như các loại phụ gia thực phẩm, bột, nước sốt, rượu thực phẩm... để phối trộn, tẩm hàng, sản xuất các sản phẩm thủy sản cao cấp, ăn liền, đúng khẩu vị theo đơn đặt hàng của nhà nhập khẩu. Tuy nhiên, hiện nay có nhiều lô hàng nhập khẩu của một số doanh nghiệp bị ách tắc tại cảng do những quy định mới của Luật An toàn thực phẩm. Doanh nghiệp thủy sản càng rối hơn khi chưa có nghị định hướng dẫn nên lúng túng không biết làm thủ tục tại cơ quan nào: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công Thương hay Bộ Y tế để giải tỏa các lô hàng, trong khi một số loại nguyên liệu, phụ liệu nhập khẩu thuộc quyền quản lý của Bộ Y tế và một số loại khác lại thuộc quyền quản lý của hai bộ còn lại. Trước khi Luật An toàn thực phẩm được ban hành và có hiệu lực thi hành, việc nhập khẩu các loại sản phẩm trên vẫn được tiến hành thuận lợi theo quy định tại Quyết định số 42/2005/QĐ-BYT ngày 8/12/2005 ban hành “Quy chế về công bố tiêu chuẩn sản phẩm thực phẩm” và Quyết định số 23/2007/QĐ-BYT ngày 29/3/2007 ban hành “Quy chế kiểm tra nhà nước về chất lượng vệ sinh an toàn đối với thực phẩm nhập khẩu” của Bộ Y tế. Kể từ ngày 1/7/2011, khi Luật An toàn thực phẩm có hiệu lực, việc nhập khẩu các loại sản phẩm trên gặp nhiều vướng mắc, khó thực hiện hoặc không thể thực hiện được do các cơ quan thẩm quyền thuộc Bộ Y tế từ chối cấp phép (trước đó vẫn cấp phép) vì theo quy định của Luật An toàn thực phẩm, những mặt hàng nhập khẩu này không còn thuộc phạm vi quản lý của Bộ này.