Trình tự đánh giá xếp loại các HTX nông nghiệp được thực hiện theo 5 bước: Lấy ý kiến thành viên về mức độ hài lòng đối với HTX; HTX nông nghiệp tổ chức tự chấm điểm; HTX nông nghiệp gửi bảng tự chấm điểm; báo cáo kết quả cho cơ quan quản lý cấp huyện, tỉnh/TP và thông báo lại kết quả đánh giá xếp loại cho các thành viên. Cuối cùng là báo cáo kết quả về Bộ NN&PTNT.
4 mức xếp loại HTX nông nghiệp theo hướng dẫn mới, được chấm theo mức điểm hệ số 100 gồm: HTX hoạt động tốt (có tổng điểm đánh giá trên 80 điểm); HTX hoạt động khá (có tổng điểm từ 65 - 80 điểm); HTX hoạt động trung bình (có tổng điểm từ 50 - 65 điểm) và HTX hoạt động yếu (có tổng điểm dưới 50 điểm hoặc trong năm bị cơ quan quản lý có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính. Quy định hướng dẫn phân loại cũng lưu ý, đối với các HTX mới thành lập và có thời gian hoạt động chưa đủ 12 tháng thì không tổ chức đánh giá, xếp loại. Trước đó, Bộ NN&PTNT đã có Thông tu số 09/TT-BNNPTNT gửi UBND các tỉnh, TP trực thuộc T.Ư hướng dẫn về việc đánh giá, phân loại các HTX trong lĩnh vực nông nghiệp. Trong đó, có quy định 6 tiêu chí quan trọng nhất để xét xếp loại gồm: Doanh thu của HTX; lợi ích cho các thành viên HTX; vốn hoạt động của HTX; quy mô thành viên ảnh hưởng tích cực đến cộng đồng; HTX được khen thưởng trong năm và mức độ hài lòng của thành viên đối với HTX.
