Điều tra vụ án, cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã khởi tố 5 bị can trong đó có Vũ Đình Duy (SN 1975, nguyên Tổng Giám đốc PVTEX) về 2 hành vi trên. Ngày 31/5, sau khi xác minh, kết luận Vũ Đình Duy đã bỏ trốn (từ ngày 22/10/2016) cơ quan An ninh đã ra quyết định truy nã. Cũng vì vậy, trong quá trình tố tụng vụ án, cơ quan An ninh điều tra tạm đình chỉ điều tra đến khi nào bắt được Duy sẽ tiếp tục xử lý.
Bước đầu, cơ quan An ninh điều tra xác định, trong quá trình thực hiện dự án nhà ở cho cán bộ công nhân viên PVTEX, Vũ Đình Duy biết rõ PVC.KGB không đủ năng lực. Tuy nhiên, Duy đã lợi dụng chức vụ quyền hạn để làm thủ tục chỉ định thầu và ký hợp đồng giao PVC.KGB cùng một số đơn vị liên danh khác thực hiện. Đồng thời, Duy có vai trò chính trong việc chỉ đạo liên danh các nhà thầu thi công dự án trái với thiết kế đã được duyệt; chỉ đạo cấp dưới cho PVC.KGB tạm ứng 20 tỷ đồng trái quy định, gây thiệt hại cho dự án 19,4 tỷ đồng. Đối với hành vi nhận hối lộ, Duy đã có thỏa thuận với các đồng phạm để thành lập PVTEX Kinh Bắc; trong đó, Duy không góp tiền nhưng yêu cầu được nắm giữ 10% cổ phần (khoảng 3 tỷ đồng), đồng thời chỉ định người nhà đứng tên sở hữu cổ phần. Năm 2011, Vũ Đình Duy đã chỉ đạo những người liên quan nhượng lại cổ phần đã góp để lấy tiền mặt…Liên quan đến vụ án, trước đó, Thanh tra Chính phủ đã có kết luận đối với việc đầu tư xây dựng Dự án Nhà máy sản xuất xơ sợi Polyeste Đình Vũ. Theo đó, kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo các bộ ngành hữu quan xử lý về kinh tế 54 tỷ đồng và hơn 22.000 USD do nghiệm thu thanh toán sai, trùng lắp, đồng thời yêu cầu PVTex xử lý dứt điểm các tranh chấp do thay đổi nguồn gốc xuất xứ thiết bị, vật tư. Kết luận của Thanh tra Chính phủ nêu rõ, ngày 15/7/2007, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) ký thỏa thuận hợp tác Tập đoàn Dệt may Việt Nam (Vinatex), đầu tư xây dựng nhà máy xơ sợi polyeste và thực hiện thủ tục pháp lý cho việc thành lập PVTex, đồng thời lựa chọn tư vấn nghiên cứu dự án khả thi. Năm 2008, HĐQT PVTex phê duyệt dự án xơ sợi Đình Vũ với tổng mức đầu tư gần 325 triệu USD, tương đương 5.437 tỷ đồng. Dự án có công suất 500 tấn xơ sợi/ngày và theo tính toán của CĐT, dự án được nghiệm thu sơ bộ vào tháng 8/2013 và dự kiến sẽ hoàn vốn toàn bộ sau thời gian 8 năm 8 tháng. Tuy nhiên, dự án từ khi chạy thử đến chính thức liên tục thua lỗ. Sau 2 năm đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, thua lỗ hơn 1.472 tỷ đồng và đến cuối năm 2015 thì dừng hoạt động.Kết luận cũng nêu rõ, năm 2013, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu PVN thoái vốn khỏi PVTex từ 56% xuống 36%. Tuy nhiên, những quyết nghị của Bộ Công Thương và các nghị quyết của PVN đã đẩy tỷ lệ vốn PVN tại PVTex tăng từ 56% lên 75% là trái với chỉ đạo của Thủ tướng. Bên cạnh đó, Thanh tra Chính phủ phát hiện trong quá trình triển khai dự án, PVTex đã không tổ chức thẩm định, tính toán kỹ, tăng tổng mức đầu tư không đúng với chi phí, tính sai chi phí…
