Nguyên nhân ùn tắc được đại diện đơn vị khai thác cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình của Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) cho biết, do ngày đầu thu phí người điều khiển phương tiện đi trên cao tốc còn bỡ ngỡ về mức phí mới nên nhân viên thu phí phải đứng giải thích cho người điều khiển phương tiện. Điều này dẫn tới việc mất thời gian với mỗi phương tiện đi qua trạm thu phí. Cũng theo đại diện của VEC, một nguyên nhân khác khiến cho đường cao tốc trong ngày đầu thu phí toàn tuyến bị ùn tắc là do hôm nay là ngày cuối tuần lượng xe đi du lịch và người về quê quay lại Hà Nội đông hơn ngày thường gấp nhiều lần nên việc ùn tắc là khó tránh khỏi. Ước tính trong ngày đầu tiến hành thu phí có khoảng gần 40 nghìn phương tiện đi vào đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình.