Ngoài các tính năng, tiện ích như phiên bản HTKK hiện tại đang triển khai, ứng dụng mới có nhiều ưu điểm vượt trội sẽ tạo điều kiện thuận lợi hơn cho người nộp thuế và nâng cao hiệu quả hỗ trợ NNT.
Với mục tiêu đẩy mạnh cải cách hành chính thuế nhằm tạo thuận lợi cho người nộp thuế, từ năm 2005, ngành Thuế đã xây dựng và cung cấp cho NNT phần mềm HTKK nhằm hỗ trợ NNT kê khai tờ khai các loại thuế, lập báo cáo tài chính doanh nghiệp, lập các báo cáo về hóa đơn, biên lai phí, lệ phí... Việc triển khai phần mềm HTKK đã đem lại hiệu quả cho NNT trong việc thực hiện khai thuế và báo cáo thuế hơn 10 năm qua, công nghệ đã phát triển ứng dụng có một số hạn chế về khả năng và tốc độ xử lý dữ liệu (chỉ hỗ trợ định dạng file excel.xls mà chưa hỗ trợ file .xlsx), chưa hỗ trợ tra cứu lịch sử tờ khai trong trường hợp thay đổi mẫu biểu... Để tạo điều kiện thuận lợi hơn cho người nộp thuế, nâng cao hiệu quả hỗ trợ NNT, Tổng cục Thuế đã hoàn thành việc nâng cấp ứng dụng HTKK theo kiến trúc và công nghệ mới.Triển khai ứng dụng HTKK theo kiến trúc và công nghệ mới, từ ngày 24/8/2018, Cục Thuế TP Hà Nội triển khai ứng dụng HTKK theo kiến trúc và công nghệ mới (phiên bản HTKK 4.0.6) đối với NNT trên địa bàn TP Hà Nội. Ngoài các tính năng, tiện ích như phiên bản HTKK hiện tại đang triển khai, ứng dụng mới có nhiều ưu điểm vượt trội. Cụ thể, mỗi khi có phiên bản mới nâng cấp, ứng dụng hỗ trợ đưa ra thông báo và tự động cập nhật phiên bản mới khi máy tính cài đặt ứng dụng HTKK có kết nối mạng internet (NNT không phải tải bộ bài và thực hiện cài đặt thủ công). Ứng dụng hỗ trợ thao tác tải và kết xuất dữ liệu từ file excel gồm 2 định dạng .xls và .xlsx. . Tăng tốc độ tải và kết xuất dữ liệu, đặc biệt là đối với các dữ liệu lớn lên tới 100 nghìn bản ghi, đồng thời bổ sung mã hóa lên dữ liệu kê khai giúp xác nhận chính xác nguồn gốc dữ liệu được kết xuất từ ứng dụng HTKK do Tổng cục Thuế cung cấp, phân biệt với dữ liệu được kết xuất từ phần mềm kế toán doanh nghiệp do đơn vị bên ngoài phát triển. Ngoài ra, sau thời điểm triển khai ứng dụng HTKK theo kiến trúc và công nghệ mới, mỗi khi có văn bản chính sách mới làm thay đổi mẫu biểu kê khai, ứng dụng HTKK sẽ được nâng cấp để hỗ trợ NNT tra cứu và hiển thị hồ sơ khai thuế theo hiệu lực của mẫu biểu tương ứng với từng kỳ tính thuế.NNT Download bộ cài đặt HTKK 4.0.6 tại địa chỉ: http://www.gdt.gov.vn hoặc http://kekhai thue.gdt.gov.vn và sử dụng như ứng dụng HTKK cũ.Cục Thuế TP Hà Nội cũng lưu ý, NNT có thể sử dụng cả hai phiên bản: HTKK hiện tại và HTKK theo kiến trúc và công nghệ mới (HTKK 4.0.6) trên cùng 1 máy tính và nộp tờ khai kết xuất từ cả 2 phiên bản trên cho cơ quan thuế cho đến khi hệ thống HTKK theo kiến trúc mới (HTKK 4.0.6) thay thế hoàn toàn hệ thống HTKK hiện tại (dự kiến áp dụng từ tháng 6/2019). Do ứng dụng HTKK 4.0.6 chỉ áp dụng các mẫu tờ khai vẫn còn hiệu lực tại thời điểm triển khai, do đó đối với các mẫu tờ khai đã hết hiệu lực NNT vẫn thực hiện kê khai trên ứng dụng HTKK hiện tại.
