Theo cáo trạng, từ năm 2004 đến năm 2011, Chính quan hệ với một số tổ chức phản động hoạt động vi phạm pháp luật. Chính tự xưng mình là "Mục sư phụ trách vùng cao nguyên của Tin lành Mennonite" và dùng nhiều chiêu thức lôi kéo người dân tộc thiểu số theo mình hành động sai trái. Nguyễn Công Chính còn soạn thảo nhiều văn bản có nội dung tuyên truyền chia rẽ giữa chính quyền với nhân dân, xuyên tạc tình hình trong nước, vu cáo chính quyền với nhiều nội dung sai sự thật rồi đem phát tán trên mạng internet. Chính còn gửi tài liệu trên cho các tổ chức quốc tế, các tổ chức phi chính phủ, báo, đài nước ngoài, nhằm gây chia rẽ giữa các tầng lớp nhân dân, giữa nhân dân với chính quyền, lực lượng vũ trang, gây ảnh hưởng xấu đến đời sống xã hội, bức xúc trong quần chúng nhân dân.
